Wat is een transcriptoom?
Het transcriptoom is een complete verzameling RNA van een organisme, een groep cellen of zelfs een specifieke cel. RNA wordt gesynthetiseerd uit DNA via een proces dat bekend staat als transcriptie. Het RNA dat aanwezig is in een cel en het lichaam bepaalt welke genen tot expressie worden gebracht en het verandert in de loop van het leven van een organisme, in tegenstelling tot DNA, dat statisch blijft. Omgevingsdruk is een van de belangrijkste redenen voor veranderingen, omdat het lichaam zich probeert aan te passen aan veranderende omgevingssituaties om zichzelf te laten functioneren.
Het transcriptoom is veel kleiner dan het genoom van een organisme, de complete verzameling DNA in het organisme. Simpel gezegd zou je DNA kunnen beschouwen als een kookboek, met een complete verzameling recepten die gemaakt kunnen worden. Het transcriptoom is de code die bepaalt welke recepten worden gemaakt en wanneer. Het kookboek blijft het hele leven statisch, terwijl het transcriptoom verandert als reactie op omgevingsfactoren.
Een belangrijk onderdeel van het transcriptoom zijn mRNA-moleculen. Messenger RNA is RNA dat communiceert met de ribosomen in de cellen om de cellen te sturen om verschillende eiwitten te maken. Deze eiwitten worden gebruikt voor een breed scala aan functies. Andere delen coderen misschien niet direct voor eiwitproductie, maar doen dingen zoals het bepalen van de celstructuur en het reguleren van genexpressie. Samen zorgen de verschillende componenten van het transcriptoom ervoor dat een organisme blijft functioneren en bepalen genexpressie in dat organisme.
Binnen verschillende cellen in het lichaam kan het transcriptoom erg verschillen. Levercellen hebben bijvoorbeeld RNA waardoor ze levercellen zijn en ervoor zorgen dat de cellen de noodzakelijke functies vervullen. Huidcellen hebben daarentegen een ander transcriptoom dat de genen activeert die nodig zijn om van een cel een huidcel te maken. Zowel lever- als huidcellen hebben een volledige kopie van het genoom, maar hun transcriptomen bepalen welke delen van het genoom worden geactiveerd.
Net als bij DNA is het mogelijk om RNA te sequencen. Transcriptoomsequencing kan worden gedaan om meer te leren over de acties van een cel en het DNA van het gastheerorganisme, en om de plaatsen te identificeren waar de expressie van genetische informatie fout gaat. Wanneer een levercel bijvoorbeeld kwaadaardig wordt, is dit omdat het transcriptoom niet werkt zoals het zou moeten zijn, en genen voor kwaadaardigheid zijn geactiveerd, of de cellen op een of andere manier gebrek aan regulatie hebben, waardoor ze uit de hand lopen. Door de sequentie van het RNA in een kwaadaardige cel te bepalen, kan een onderzoeker achterhalen welk gen geactiveerd of geïnactiveerd is om de maligniteit te veroorzaken.