Hvad er et transkriptom?
Transkriptomet er en komplet samling af RNA fra en organisme, en gruppe celler eller endda en specifik celle. RNA syntetiseres fra DNA gennem en proces, der er kendt som transkription. RNA, der er til stede i en celle og kroppen, bestemmer, hvilke gener der skal udtrykkes, og det ændrer sig i løbet af en organisms liv, i modsætning til DNA, der forbliver statisk. Miljøtryk er en af de førende årsager til ændringer, da kroppen forsøger at tilpasse sig skiftende miljøsituationer for at holde sig selv fungerer.
Transkriptomet er meget mindre end en organismes genom, den komplette samling af DNA i organismen. Kort sagt kunne man tænke på DNA som en kogebog med en komplet samling af opskrifter, der kan laves. Transkriptomet er den kode, der bestemmer, hvilke opskrifter der skal laves, og hvornår. Kogebogen forbliver statisk hele livet, mens transkriptomet ændres som reaktion på miljøfaktorer.
En vigtig del af transkriptomet er mRNA-molekyler. Messenger RNA er RNA, der kommunikerer med ribosomer i cellerne for at lede cellerne til at fremstille forskellige proteiner. Disse proteiner bruges til en lang række funktioner. Andre dele koder muligvis ikke direkte til proteinproduktion, men gør ting som at bestemme cellestruktur og regulere genekspression. Sammen holder transkriptomets forskellige komponenter en organisme i funktion og bestemmer genekspression inden for den organisme.
Inden for forskellige celler i kroppen kan transkriptomet være meget forskelligt. Leverceller har for eksempel RNA, der gør dem til leverceller, og sikrer, at cellerne udfører de nødvendige funktioner. På den anden side har hudceller et andet transkriptom, der aktiverer de gener, der er nødvendige for at gøre en celle til en hudcelle. Både lever- og hudceller har en komplet kopi af genomet, men deres transkriptomer bestemmer, hvilke dele af genomet, der aktiveres.
Ligesom med DNA er det muligt at sekvensere RNA. Transkriptom-sekventering kan udføres for at lære mere om handlingerne i en celle og værtsorganismens DNA og for at identificere de steder, hvor udtrykket af genetisk information går galt. Når en levercelle for eksempel bliver ondartet, skyldes det, at transkriptomet ikke fungerer, som det skal være, og gener for malignitet er blevet aktiveret, eller cellerne mangler regulering på en eller anden måde, hvilket får dem til at vokse ud af kontrol. Sekventering af RNA i en ondartet celle kan hjælpe en forsker med at finde ud af, hvilket gen der blev aktiveret eller inaktiveret for at forårsage maligniteten.