Hva er et transkriptom?

Transkriptomet er en komplett samling av RNA fra en organisme, en gruppe celler, eller til og med en spesifikk celle. RNA syntetiseres fra DNA gjennom en prosess kjent som transkripsjon. RNA som er til stede i en celle og kroppen bestemmer hvilke gener som skal uttrykkes, og det endrer seg i løpet av en organisms liv, i motsetning til DNA, som forblir statisk. Miljøtrykk er en av de viktigste årsakene til endringer, ettersom kroppen prøver å tilpasse seg skiftende miljøsituasjoner for å holde seg i funksjon.

Transkriptomet er mye mindre enn et organismes genom, den komplette samlingen av DNA i organismen. Enkelt sagt kan man tenke på DNA som en kokebok, hvor en komplett samling av oppskrifter kan lages. Transkriptomet er koden som avgjør hvilke oppskrifter som skal lages, og når. Kokeboken forblir statisk hele livet, mens transkriptomet endres som respons på miljøfaktorer.

En viktig del av transkriptomet er mRNA-molekyler. Messenger RNA er RNA som kommuniserer med ribosomene i cellene for å lede cellene til å lage forskjellige proteiner. Disse proteinene brukes til en rekke funksjoner. Andre deler koder ikke direkte for proteinproduksjon, men gjør ting som å bestemme cellestruktur og regulere genuttrykk. Sammen holder de forskjellige komponentene i transkriptomet en organisme til å fungere og bestemmer genuttrykk i den organismen.

Innenfor forskjellige celler i kroppen kan transkriptomet være veldig forskjellig. Leverceller har for eksempel RNA som gjør dem til leverceller, og sikrer at cellene utfører nødvendige funksjoner. Hudceller har derimot et annet transkriptom som aktiverer genene som er nødvendige for å gjøre en celle til en hudcelle. Både lever- og hudceller har en fullstendig kopi av genomet, men deres transkriptomer bestemmer hvilke deler av genomet som blir aktivert.

Akkurat som med DNA er det mulig å sekvensere RNA. Transkriptomsekvensering kan gjøres for å lære mer om handlingene til en celle og vertsorganismens DNA, og for å identifisere stedene der uttrykket av genetisk informasjon går galt. Når en levercelle blir ondartet, for eksempel, skyldes det at transkriptomet ikke fungerer som det skal være, og gener for malignitet har blitt aktivert, eller cellene mangler regulering på noen måte, noe som får dem til å vokse ut av kontroll. Sekvensering av RNA i en ondartet celle kan hjelpe en forsker med å finne ut hvilket gen som ble aktivert eller inaktivert for å forårsake maligniteten.