Hva er et transkriptom?

Transkriptomet er en komplett samling av RNA fra en organisme, en gruppe celler eller til og med en spesifikk celle. RNA syntetiseres fra DNA gjennom en prosess kjent som transkripsjon. RNA som er til stede i en celle og kroppen bestemmer hvilke gener som vil bli uttrykt, og det endres i løpet av en organismes liv, i motsetning til DNA, som forblir statisk. Miljøkrykk er en av de viktigste årsakene til endringer, ettersom kroppen prøver å tilpasse seg endrede miljøsituasjoner for å holde seg fungerende.

Transkriptomet er mye mindre enn en organismens genom, den komplette samlingen av DNA i organismen. Sett på enkle termer, kan man tenke på DNA som en kokebok, og liste opp en komplett samling av oppskrifter som kan lages. Transkriptomet er koden som bestemmer hvilke oppskrifter som skal gjøres, og når. Kokeboken forblir statisk gjennom hele livet, mens transkriptomet endrer seg som svar på miljøfaktorer.

En viktig del av transkriptomE er mRNA -molekyler. Messenger RNA er RNA som kommuniserer med ribosomene i cellene for å lede cellene for å lage forskjellige proteiner. Disse proteinene brukes til et bredt utvalg av funksjoner. Andre deler koder kanskje ikke direkte for proteinproduksjon, men gjør ting som å bestemme cellestruktur og regulere genuttrykk. Sammen holder de forskjellige komponentene i transkriptomet en organisme fungerer og bestemmer genuttrykk innenfor den organismen.

Innenfor forskjellige celler i kroppen kan transkriptomet være veldig annerledes. Leverceller har for eksempel RNA som gjør dem til leverceller, og sikrer at cellene utfører nødvendige funksjoner. Hudceller har derimot et annet transkriptom som aktiverer genene som er nødvendige for å gjøre en celle til en hudcelle. Både lever- og hudceller har en fullstendig kopi av genomet, men transkriptomene deres bestemmer hvilke deler avGenom aktiveres.

Akkurat som med DNA er det mulig å sekvensere RNA. Transkriptomsekvensering kan gjøres for å lære mer om handlingene til en celle og vertsorganismens DNA, og for å identifisere stedene der uttrykket av genetisk informasjon går galt. Når en levercelle for eksempel blir ondartet, er det fordi transkriptomet ikke fungerer som det skal være, og gener for malignitet er blitt aktivert, eller cellene mangler regulering på noen måte, noe som får dem til å vokse ut av kontroll. Sekvensering av RNA i en ondartet celle kan hjelpe en forsker med å finne ut hvilket gen som ble aktivert eller inaktivert for å forårsake malignitet.