Hva er en molekylær vektmarkør?
En molekylvektmarkør er et molekyl som brukes til å gi et estimat på størrelsen på molekyler utsatt for gelelektroforese. Dette er en teknikk der DNA, RNA eller proteiner skilles etter størrelse ved bruk av en elektrisk strøm på en gel. Dette begrepet bør ikke forveksles med molekylære markører i genetikk - områder der en organisms DNA skiller seg fra resten av befolkningen og kan identifiseres med en DNA-sonde.
Proteinmolekylvektmarkører brukes ofte når proteiner skilles ved gelelektroforese. Molekylvektmarkøren er en gruppe proteiner med kjent molekylvekt, som generelt er levert av bioteknologiselskaper i et bestemt størrelsesområde. Man velger størrelsesområdet basert på prøvene som studeres. Molekylvektmarkørene lastes sammen og skilles ut under kjøringen. Ved å måle avstanden som er markert og proteinet av interesse, kan man bestemme størrelsen på det eksperimentelle proteinet.
Ulike typer markører kan visualiseres på forskjellige måter. Noen av de molekylære markørene er umerkede og farges i gelen sammen med resten av proteinene. De er ikke synlige før hele gelen er beiset. Andre typer proteinmolekylære markører er forhåndsfarget med farger, og hver type protein har en annen farge. Separasjonen er synlig når gelen kjører.
En fordel med en forhåndsfarget markør for molekylvekt er for vestlige blots. Dette er en teknikk der proteinene overføres til en membran og deretter farges med antistoffer for å påvise et bestemt protein. Å ha fargede markører er med på å bestemme om overføringen av proteinene er fullført før man fortsetter med resten av prosedyren.
Molekylvektmarkører brukes ofte for å analysere DNA på geler. Ofte lages DNA molekylære markører fra bakterievirus lambda . Restriksjonsenzymer lages av bakterier for å fordøye DNA fra invaderende organismer, og restriksjonsenzymet HindIII brukes ofte for å nedbryte lambda-DNA. Den produserer en serie forskjellige, reproduserbare fragmenter kjent som en DNA-stige . Ved å sammenligne avstanden som kjøres etter standardene i en logaritmisk skala, kan man bestemme størrelsen på DNA-fragmentene som blir analysert.
Denne DNA-molekylvektmarkøren kan brukes til å analysere størrelsen på DNA produsert under isolering av gener, og i gentekniske eksperimenter. Det kan også brukes under polymerasekjedereaksjonen (PCR), der små mengder DNA eller RNA blir amplifisert for å produsere store mengder produkt. PCR-teknikker er ofte assosiert med farskapstesting og rettsmedisinsk vitenskap, men de er også veldig vanlige i medisinsk og grunnleggende biologisk forskning. Spesielle molekylvektmarkører er tilgjengelige for mindre produkter generert fra noen typer PCR eller små RNA-molekyler.