Hvad er en molekylvægtmarkør?
En molekylvægtsmarkør er et molekyle, der bruges til at tilvejebringe et skøn over størrelsen af molekyler udsat for gelelektroforese. Dette er en teknik, hvor DNA, RNA eller proteiner adskilles efter størrelse ved hjælp af en elektrisk strøm på en gel. Dette udtryk bør ikke forveksles med molekylære markører inden for genetik - områder, hvor en organisms DNA adskiller sig fra resten af befolkningen og kan identificeres med en DNA-sonde.
Proteinmolekylvægtsmarkører bruges ofte, når proteiner adskilles ved gelelektroforese. Molekylvægtsmarkøren er en gruppe proteiner med kendt molekylvægt, der generelt leveres af bioteknologiselskaber i et bestemt størrelsesområde. Man vælger størrelsesområdet baseret på de prøver, der studeres. Molekylvægtsmarkørerne indlæses sammen og adskilles under løbet. Ved at måle afstanden, som markørerne har rejst, og proteinet af interesse, kan man bestemme størrelsen på det eksperimentelle protein.
Forskellige typer markører kan visualiseres på forskellige måder. Nogle af de molekylære markører er umærkede og farves i gelen sammen med resten af proteinerne. De er ikke synlige, indtil hele gelen er farvet. Andre typer proteinmolekylære markører er præfarvede med farver, og hver type protein er en anden farve. Adskillelsen er synlig, når gelen kører.
En fordel ved en forfarvet markør for molekylvægt er for vestlige blots. Dette er en teknik, hvor proteinerne overføres til en membran og derefter farves med antistoffer for at detektere et bestemt protein. At have farvede markører hjælper med at bestemme, om overførslen af proteiner er fuldført, før man fortsætter med resten af proceduren.
Molekylvægtsmarkører bruges ofte til analyse af DNA på geler. Ofte fremstilles DNA-molekylærmarkører fra bakterievirus lambda . Restriktionsenzymer fremstilles af bakterier til at fordøje DNA'et fra invaderende organismer, og restriktionsenzymet HindIII bruges ofte til at nedbryde lambda-DNA'et. Det producerer en række forskellig størrelse, reproducerbare fragmenter kendt som en DNA-stige . Ved at sammenligne afstanden, der løber efter standarderne i en logaritmisk skala, kan man bestemme størrelsen af de DNA-fragmenter, der analyseres.
Denne DNA-molekylvægtmarkør kan bruges til at analysere størrelsen af DNA produceret under isolering af gener og i genteknologiske eksperimenter. Det kan også bruges under polymerasekædereaktionen (PCR), hvor små mængder DNA eller RNA amplificeres for at producere store mængder produkt. PCR-teknikker er ofte forbundet med faderskabstestning og retsmedicinsk videnskab, men de er også meget almindelige inden for medicinsk og grundlæggende biologisk forskning. Specielle molekylvægtsmarkører er tilgængelige for mindre produkter genereret fra nogle typer PCR eller små RNA-molekyler.