Hva er et retrotransposon?

Transposoner er deler av DNA som er mobile, eller som kan flytte til forskjellige steder i genetisk informasjon om en celle. Ved å flytte til et nytt sted i genomet til en celle, kan transposoner føre til at mutasjoner oppstår, samt endre mengden DNA som finnes i cellen. De blir også referert til som hoppegener, og er gruppert i to kategorier som er klasse II-transposoner og klasse I-transposoner, eller retrotransposoner. Forskjellen mellom disse to klassene har å gjøre med hvordan de beveger seg; et retrotransposon har en totrinns bevegelsesprosess.

Metoden for bevegelse av segmentet DNA er hvordan transposonene klassifiseres i hver kategori. Et transposon i klasse II er et stykke DNA som beveger seg fra et sted til et annet. Bevegelsen til et klasse I-transposon, eller retrotransposon, er mye mer sammensatt, og involverer to trinn for bevegelse av DNA-segmentet.

Det første trinnet for bevegelse av et retrotransposon er å lage et segment av RNA gjennom transkripsjonen av et stykke DNA. RNA er nå fritt til å bevege seg gjennom genomet, da det ikke er bundet til en DNA-streng. Når RNA når det nye stedet, lager et spesifikt enzym, kalt revers transkriptase, en ny DNA-streng basert på RNA-segmentet. Denne nye delen av DNA blir deretter festet til den nye plasseringen i genomet.

Når et retrotransposon blir transkribert tilbake til et DNA-segment fra RNA-kopien, har det vanligvis lange terminale gjentakelser (LTR) på slutten av DNA-sekvensen. LTR-er består av gjentagende sekvenser av baser som kan være hundrevis eller til og med tusenvis av baser lange. De omgir vanligvis en funksjonell del av DNAet, for eksempel et gen, og er nødvendige for å feste DNA-segmentet til den opprinnelige DNA-strengen. LTR er en måte forskere kan gjenkjenne at en del av DNA inneholder et retrotransposon. Det antas at omtrent 42% av hele menneskets genom består av retrotransposoner.

På grunn av det faktum at nye kopier av DNA blir laget gjennom revers transkripsjon av RNA, er å legge til et retrotransposon en måte å øke mengden DNA som finnes i en enkelt celle. Hvis et retrotransposon settes inn i et gen eller i nærheten av et gen, kan det føre til en mutasjon. Mutasjoner er i utgangspunktet endringer i DNA-sekvensen og kan ha positiv, negativ eller ingen innvirkning på genomet, avhengig av hvordan DNA-sekvensen endres.