Co to jest Retrotransposon?
Transpozony to fragmenty DNA, które są ruchome lub mogą przenosić się w różne miejsca w obrębie informacji genetycznej komórki. Przenosząc się do nowej lokalizacji w genomie komórki, transpozony mogą powodować mutacje, a także zmieniać ilość DNA znalezionego w komórce. Są one również nazywane genami skaczącymi i są pogrupowane w dwie kategorie, które są transpozonami klasy II i transpozonami klasy I lub retrotranspozonami. Różnica między tymi dwiema klasami ma związek z tym, jak się poruszają; retrotransposon ma dwuetapowy proces ruchu.
Metodą ruchu segmentu DNA jest sposób, w jaki transpozony są klasyfikowane do każdej kategorii. Transpozon klasy II to fragment DNA, który przemieszcza się z jednego miejsca do drugiego. Ruch transpozonu klasy I lub retrotransposonu jest znacznie bardziej złożony i obejmuje dwa etapy ruchu segmentu DNA.
Pierwszym krokiem dla ruchu retrotransposonu jest utworzenie segmentu RNA poprzez transkrypcję kawałka DNA. RNA może teraz swobodnie poruszać się w całym genomie, ponieważ nie jest związany z nicią DNA. Kiedy RNA osiągnie nową lokalizację, specyficzny enzym, zwany odwrotną transkryptazą, tworzy nową nić DNA na podstawie segmentu RNA. Ten nowy fragment DNA jest następnie dołączany do nowej lokalizacji w genomie.
Kiedy retrotransposon jest transkrybowany z powrotem do segmentu DNA z kopii RNA, zwykle ma długie końcowe powtórzenia (LTR) na końcu sekwencji DNA. LTR składają się z powtarzających się sekwencji zasad, które mogą mieć setki, a nawet tysiące zasad. Zazwyczaj otaczają one funkcjonalną część DNA, taką jak gen, i są niezbędne do przyłączenia segmentu DNA do oryginalnej nici DNA. LTR to jeden ze sposobów, w jaki naukowcy mogą rozpoznać, że odcinek DNA zawiera retrotransposon. Uważa się, że około 42% całego ludzkiego genomu składa się z retrotranspozonów.
Z uwagi na fakt, że nowe kopie DNA powstają w wyniku odwrotnej transkrypcji RNA, dodanie retrotransposonu jest sposobem na zwiększenie ilości DNA znalezionego w jednej komórce. Jeśli retrotransposon zostanie wstawiony do genu lub w pobliżu genu, może to spowodować mutację. Mutacje są w zasadzie zmianami w sekwencji DNA i mogą mieć pozytywny, negatywny lub żaden wpływ na genom, w zależności od tego, jak zmieniona jest sekwencja DNA.