Co to jest retrotranspozon?
Transpozony to kawałki DNA, które są mobilne lub mogą przenosić się do różnych miejsc w ramach informacji genetycznej komórki. Przechodząc do nowej lokalizacji w genomie komórki, transpozony mogą powodować mutacje, a także zmieniać ilość DNA znalezionego w komórce. Są one również określane jako geny skakania i są grupowane w dwie kategorie, które są transpozonami klasy II i transpozonów klasy I lub retrotranspozonów. Różnica między tymi dwiema klasami ma związek z tym, jak się poruszają; Retrotranspozon ma dwuetapowy proces ruchu.
Metodą ruchu segmentu DNA jest sposób, w jaki transpozony są klasyfikowane do każdej kategorii. Transpozon klasy II to kawałek DNA, który przenosi się z jednego miejsca do drugiego. Ruch transpozonu klasy I lub retrotranspozona jest znacznie bardziej złożony i obejmuje dwa etapy ruchu segmentu DNA.
Pierwszym krokiem do ruchu retrotranspozonu jest stworzenie segmentu RNA przez transkryptio przez transkryption kawałka DNA. RNA ma teraz swobodę poruszania się po genomie, ponieważ nie jest powiązany z pasmem DNA. Gdy RNA dociera do nowej lokalizacji, specyficzny enzym, zwany odwrotną transkryptazą, tworzy nową nici DNA opartą na segmencie RNA. Ten nowy kawałek DNA jest następnie przymocowany do nowej lokalizacji w genomie.
Gdy retrotranspozon jest transkrybowany z powrotem do segmentu DNA z kopii RNA, zwykle ma on długoterminowe powtórzenia (LTR) na końcu sekwencji DNA. LTR składają się z powtarzających się sekwencji zasad, które mogą mieć setki, a nawet tysiące baz. Zwykle otaczają funkcjonalną część DNA, taką jak gen, i są niezbędne do przymocowania segmentu DNA do oryginalnej nici DNA. LTR to jeden ze sposobów, w jaki naukowcy mogą rozpoznać, że odcinek DNA zawiera retrotranspozon. Uważa się, że około 42% całego ludzkiego genomu składa się z retrotrAnsposons.
Ze względu na fakt, że nowe kopie DNA są wytwarzane przez odwrotną transkrypcję RNA, dodanie retrotranspozonu jest sposobem na zwiększenie ilości DNA znalezionych w pojedynczej komórce. Jeśli retrotranspozon jest wstawiany do genu lub w pobliżu genu, może to spowodować mutację. Mutacje są zasadniczo zmianami sekwencji DNA i mogą mieć pozytywny, negatywny lub brak wpływu na genom, w zależności od tego, jak zmieniona jest sekwencja DNA.