V biologii, co je konsenzuální sekvence?

Konsenzuální sekvence je sada proteinů nebo nukleotidů v kyselině deoxyribonukleové (DNA), která se objevuje pravidelně. Aminokyseliny adenin, guanin, cytosin a thymin tvoří genetické sekvence v DNA. Molekulární biologové často používají statistiky k předpovídání, kde bude určitá jejich sekvence, nebo k pochopení toho, kde se konkrétní molekuly mají tendenci vážit. Pokud aminokyselinové sekvence zůstávají stejné a mají tendenci se měnit, mohou být reprezentovány vzorcem. V případě konsensuální promotorové sekvence se konkrétní typ enzymu může vázat na místa podobně sekvenovaných proteinů.

Genetikové, stejně jako vědci v mnoha vědeckých oborech, často používají substituce ke zjednodušení složitých systémů. V těle je tolik aminokyselinových bází a genů, že je vědci nemohou spočítat, pokud na to neexistuje nějaký obecný systém. Konsensuální sekvence se může objevit na mnoha místech DNA i v různých živých věcech. Podobnosti a rozdíly, které se obvykle vyskytují, lze označit vzorcem.

Statisticky mohou vědci klasifikovat genetické sekvence podle vzorů. Opakující se vzory, nazývané sekvenční motivy, se obvykle používají k reprezentaci genetických oblastí, které řídí specifické biologické procesy. Konsenzuální sekvence mohou také poskytnout pohled na to, jak jsou proteiny syntetizovány nebo jak jsou molekuly vedeny v buňce.

V zápisu konsensuální sekvence může umístění některých nukleotidů ukázat, že jsou vždy v reprezentovaném umístění. Může být také naznačeno, že tam může být jeden nukleotid nebo jiný. V tomto případě není často uváděno, jak často se aminokyselina objevuje místo jiné. Grafický model se někdy používá k označení této frekvence zvýšením nebo snížením velikosti symbolů. Některé softwarové programy mohou automaticky generovat loga sekvencí.

Často se konsenzuální sekvence shoduje s rozpoznávaným proteinovým vazebným místem. K přesnému zobrazení sekvencí v genomu se často používají matematické vzorce. Patří sem statistické vzorce, jako jsou logaritmy a numerické hodnoty, které mohou být kladné nebo záporné, což představuje umístění genetické informace. Tímto způsobem lze analyzovat procesy v genomu pro normální biologické funkce, jakož i procesy související s nemocemi.

Matematická reprezentace konsensuální sekvence obecně poskytuje model vzorců DNA a aminokyselin. Přesný obrázek obvykle není uveden. Sekvence však mohou vědcům pomoci propojit funkční aspekty různých částí genomu s vývojovými vzory organismů.