En biologie, qu'est-ce qu'une séquence de consensus?
Une séquence consensus est un ensemble de protéines, ou de nucléotides dans l'acide désoxyribonucléique (ADN), qui apparaît régulièrement. Les acides aminés adénine, guanine, cytosine et thymine constituent des séquences génétiques dans l'ADN. Les biologistes moléculaires utilisent souvent des statistiques pour prédire l'emplacement d'une certaine séquence ou pour comprendre où des molécules particulières ont tendance à se lier. Où les séquences d'acides aminés restent les mêmes et où ils ont tendance à varier peuvent être représentés par une formule. Dans le cas d'une séquence promoteur consensuelle, un type particulier d'enzyme peut se lier à des sites de protéines séquencées de manière similaire.
Les généticiens, comme les chercheurs de nombreuses disciplines scientifiques, ont souvent recours à des substitutions pour simplifier des systèmes complexes. Il y a tellement de bases d'acides aminés et de gènes dans le corps que les scientifiques ne peuvent les compter que s'il existe un système général permettant de le faire. Une séquence consensus peut apparaître à de nombreux endroits dans l'ADN, ainsi que chez divers êtres vivants. Les similitudes et les différences qui ont tendance à se produire peuvent être indiquées par une formule.
Statistiquement, les scientifiques peuvent classer les séquences génétiques pour rechercher des modèles. Des motifs répétitifs, appelés motifs de séquence, sont généralement utilisés pour représenter des zones génétiques qui contrôlent des processus biologiques spécifiques. Les séquences de consensus peuvent également donner un aperçu de la manière dont les protéines sont synthétisées ou comment les molécules sont guidées dans une cellule.
Dans la notation d'une séquence consensus, l'emplacement de certains nucléotides peut montrer qu'ils se trouvent toujours à l'emplacement représenté. On peut également indiquer qu'un nucléotide ou un autre peut être présent. Dans ce cas, la fréquence à laquelle un acide aminé apparaît à la place d'un autre n'est généralement pas indiquée. Un modèle graphique est parfois utilisé pour indiquer cette fréquence, en augmentant ou en diminuant la taille des symboles. Certains logiciels peuvent générer automatiquement des logos de séquence.
Souvent, une séquence consensus correspond à un site de liaison à une protéine reconnu. Pour décrire avec exactitude les séquences du génome, des formules mathématiques sont souvent utilisées. Celles-ci incluent des formules statistiques telles que des logarithmes et des valeurs numériques, qui peuvent être positives ou négatives, pour représenter l'emplacement de l'information génétique. Les processus dans le génome pour les fonctions biologiques normales, ainsi que ceux liés aux maladies, peuvent être analysés de cette façon.
Les représentations mathématiques d'une séquence consensus fournissent généralement un modèle de profils d'ADN et d'acides aminés. Une image exacte n'est généralement pas fournie. Cependant, les séquences peuvent aider les scientifiques à relier les aspects fonctionnels des différentes parties du génome aux modèles évolutifs des organismes.