Hvad er en konsensus-sekvens i biologi?
En konsensus-sekvens er et sæt proteiner eller nucleotider i deoxyribonukleinsyre (DNA), der vises regelmæssigt. Aminosyrerne adenin, guanin, cytosin og thymin udgør genetiske sekvenser i DNA. Molekylærbiologer bruger ofte statistik til at forudsige, hvor en bestemt sekvens af dem vil være, eller for at forstå, hvor bestemte molekyler har en tendens til at binde. Hvor aminosyresekvenserne forbliver de samme, og hvor de har en tendens til at variere, kan repræsenteres med en formel. I tilfælde af en konsensuspromotorsekvens kan en bestemt type enzym binde til steder med lignende sekventerede proteiner.
Genetikere, ligesom forskere inden for mange videnskabelige discipliner, bruger ofte substitutioner for at forenkle komplekse systemer. Der er så mange aminosyrebaser og gener i kroppen, at forskere ikke kan tælle dem, medmindre der er noget generelt system til at gøre det. En konsensus-sekvens kan forekomme mange steder i DNA såvel som i forskellige levende ting. De ligheder og forskelle, der har tendens til at forekomme, kan angives med en formel.
Statistisk set kan forskere klassificere genetiske sekvenser for at se efter mønstre. Gentagende mønstre, kaldet sekvensmotiver, bruges generelt til at repræsentere genetiske områder, der kontrollerer specifikke biologiske processer. Konsensus-sekvenser kan også give indsigt i, hvordan proteiner syntetiseres, eller hvordan molekyler styres i en celle.
I noteringen af en konsensus-sekvens kan placeringen af nogle nukleotider vise, at de altid er på det repræsenterede sted. Det kan også indikeres, at et eller andet nucleotid kan være der. I dette tilfælde anføres det ikke, hvor ofte en aminosyre forekommer i stedet for en anden. En grafisk model bruges undertiden til at indikere denne frekvens ved at øge eller formindske symbolernes størrelse. Nogle softwareprogrammer kan generere sekvenslogoer automatisk.
Ofte matcher en konsensus-sekvens et anerkendt proteinbindingssted. Til nøjagtigt afbildning af sekvenser på genomet bruges ofte matematiske formler. Disse inkluderer statistiske formler såsom logaritmer og numeriske værdier, som kan være positive eller negative, for at repræsentere placeringen af genetisk information. Processer i genomet til normale biologiske funktioner såvel som dem, der er relateret til sygdomme, kan analyseres på denne måde.
De matematiske repræsentationer af en konsensus-sekvens tilvejebringer generelt en model af DNA- og aminosyremønstre. Et præcist billede leveres typisk ikke. Sekvenserne kan imidlertid hjælpe forskere med at knytte de funktionelle aspekter af forskellige dele af genomet til evolutionære mønstre af organismer.