Co je to anomace genomu?

Genomová anotace označuje části genomu informacemi o genetických datech, které obsahuje. To je součástí procesu genomových projektů, kde cílem není pouze sekvenování DNA cílového organismu, ale pochopení toho, co dělá a jak funguje. Vědci mohou ve svých laboratořích provádět anotace a mohou sdílet data s dalšími vědci za účelem shromažďování zdrojů a informací. Dostupné jsou online databáze přístupné veřejnosti a některé také umožňují členům široké veřejnosti předkládat vlastní anotace.

Prvním krokem v anotaci genomu je sekvenování, kde vědci určují pořadí aminokyselin v DNA organismu. Sekvenování celého genomu trvá dlouho a vědci běžně začínají anotovat dříve, než byl genom dekódován. S částí sekvencované DNA v ruce může vědec začít anotovat. Vědci si mohou všimnout, kde se zdá, že geny začínají a zastavují, přičemž věnují pozornost výrazným řetězcům DNA, které obsahují informace o funkci genomu.

Počítače jsou schopné samy provádět anotaci genomu. Mohou hledat známé vzorce, jako jsou řetězce aminokyselin, které se objevují na začátku a na konci genů. V automatizované anotaci může počítač přidat poznámky k různým částem řetězce DNA, aby o nich poskytl informace. Je také možné porovnat segmenty z různých organismů a hledat rozptyl, který by mohl poskytnout důležité informace o druhu jako celku.

Ruční anomace genomu zahrnuje fyzickou kontrolu DNA. Mnoho vědců používá počítače k ​​zobrazování informací a jejich označování, což jim umožňuje jejich práci v databázích. V některých případech může být po automatizované anotaci nezbytná ruční kontrola, aby se ujistil, že počítač získal správné informace. Může to být pečlivý proces a mohou nastat chyby, což je jeden z důvodů, proč vědci rádi sdružují databáze. Pokud se anotace neshoduje s ostatními ve stejné části DNA, lidé mohou informace vyhodnotit a zjistit, co se stalo, a opravit chybu.

Není vždy možné určit, co gen dělá během procesu anomace genomu. Vědci mohou označit geny a oddělit je od ostatních složek genomu, jako jsou nekódující DNA jako opakování. Tyto informace mohou být použity ve výzkumu, když lidé rozvíjejí teorie o různých segmentech genomu. Mohou přidat k anotacím poznámku o funkci genu.