Wat is microarray -analyse?
DNA -microarray -analyse wordt gebruikt in moleculaire biologie en diagnostische geneeskunde om te bepalen welke genen in een cel op een bepaald tijdstip worden ingeschakeld. Deze techniek staat bekend als een multiplex -test, omdat deze duizenden monsters kan meten in een enkele test. DNA -microanalysetechnieken worden gebruikt om gegevens te interpreteren uit assays die worden uitgevoerd op RNA en DNA, afhankelijk van de specifieke vereisten van het experiment.
De basis van DNA -microarray -analyse is de hoge specificiteit van DNA -moleculen en het vermogen om unieke sequenties van DNA te kiezen om een bepaald gen te vertegenwoordigen. Een microarray -analyse -experiment wordt uitgevoerd op een vast oppervlak gemaakt van een glas- of siliconenchip waarop een chemische matrix wordt gelegd. Op het oppervlak van het matrix -DNA- of RNA -sondes worden opgesteld in geordende rijen.
Zodra de chip is opgezet met de vereiste sondes, worden de bestudeerde cellen bereid. Om de cellen te bereiden, moeten ze open worden gebroken zodat de nucleïnezuren die ze bevattenkan worden geïsoleerd. Een reeks reagentia worden toegevoegd om de nucleïnezuren in de cellen te extraheren en te concentreren. Vervolgens wordt het nucleïnezuurextract aan de chip toegevoegd, die vervolgens enkele uren wordt achtergelaten om tijd te laten voor de sondes om te interageren en te binden aan de cellulaire nucleïnezuren. Ten slotte worden een verdere reeks reagentia aan de chip toegevoegd om locaties te identificeren waar cellulaire nucleïnezuren aan sondes zijn gebonden.
Microarray -analyse wordt vervolgens gebruikt om te bepalen welke sondes cellulaire nucleïnezuren hebben kunnen detecteren. Dit is vaak een complexe analyse, omdat een enkele chip tienduizenden unieke sondes kan bevatten. De volgorde van de sondes op de chip wordt opgeslagen in een computerdatabase, zodat de resultaten eenvoudig kunnen worden verkregen. Met behulp van de chip en database kan een wetenschapper een lijst met genen ontwikkelen die gebonden zijn aan sondes en daarom aanwezig waren in het oorspronkelijke cellulaire extract.
De microarray -analysetechniek wordt vaak gebruikt bij genexpressieprofilering. In dit type experiment is de microarray opgezet om patronen van genexpressie in cellen te onderzoeken. Probes voor de interessante genen zijn opgenomen op de microarray en wanneer het experiment is voltooid, kan de analyse van de microarray -gegevens bepalen welke van de bestudeerde genen op een bepaald moment zijn ingeschakeld.
Andere toepassingen voor deze techniek omvatten vergelijkende genomische hybridisatie en SNP -detectie. Vergelijkende genomische hybridisatie is een test die genomische gehalte onderzoekt in cellen van gerelateerde organismen. Dit type test biedt informatie over de genetische relaties tussen verschillende soorten.
SNP -detectie is een techniek die kan worden gebruikt in forensische analyse, genetische koppelingsanalyse en beoordeling van risico's op het gebied van genetische ziekten. SNP's zijn enkele nucleotide polymorfismen, locaties op het genoom waar twee mogelijke basispairsequenties zijn. SNP's kunnen een scala aan nuttig biedenGenetische informatie vanwege het feit dat verschillende SNP -variaties bestaan in verschillende etnische en geografische populaties.