Co je to Microarray Analysis?
DNA microarray analýza se používá v molekulární biologii a diagnostické medicíně k určení, které geny v buňce jsou zapnuty v určitém časovém okamžiku. Tato technika je známá jako multiplexní test, protože může měřit tisíce vzorků v jednom testu. Techniky mikroanalýzy DNA se používají k interpretaci dat z testů prováděných na RNA a DNA, v závislosti na konkrétních požadavcích experimentu.
Základem DNA microarray analýzy je vysoká specificita molekul DNA a schopnost vybrat jedinečné sekvence DNA, které budou reprezentovat konkrétní gen. Experiment s mikročipovou analýzou se provádí na pevném povrchu vyrobeném ze skleněného nebo silikonového čipu, na kterém je položena chemická matrice. Na povrchu matrice jsou DNA nebo RNA sondy uspořádány v řádcích.
Jakmile je čip nastaven na požadované sondy, připravené buňky jsou připraveny. Aby se buňky připravily, musí být otevřeny, aby se mohly izolovat nukleové kyseliny, které obsahují. K extrakci a zakoncentrování nukleových kyselin obsažených v buňkách se přidá řada činidel. Dále je extrakt nukleové kyseliny přidán do čipu, který je potom ponechán několik hodin, aby se sondám poskytlo čas na interakci a navázání na buněčné nukleové kyseliny. Nakonec se do čipu přidá další řada reagencií pro identifikaci míst, kde se buněčné nukleové kyseliny navázaly na sondy.
Mikročipová analýza se potom použije ke stanovení, které sondy byly schopny detekovat buněčné nukleové kyseliny. Toto je často komplexní analýza, protože jeden jediný čip může obsahovat desítky tisíc jedinečných sond. Pořadí sond na čipu je uloženo v počítačové databázi, takže výsledky lze snadno získat. Pomocí čipu a databáze může vědec vytvořit seznam genů, které se vázaly na sondy a byly proto přítomny v původním buněčném extraktu.
Technika mikročipové analýzy se běžně používá při profilování genové exprese. V tomto typu experimentu je mikročip nastaven tak, aby zkoumal vzorce genové exprese v buňkách. Sondy pro příslušné geny jsou zahrnuty do mikročipu a po dokončení experimentu může analýza dat z mikročipů určit, které ze zkoumaných genů byly zapnuty v určitém čase.
Další použití této techniky zahrnují srovnávací genomovou hybridizaci a detekci SNP. Srovnávací genomická hybridizace je test, který zkoumá genomický obsah v buňkách příbuzných organismů. Tento typ testu poskytuje informace o genetických vztazích mezi různými druhy.
Detekce SNP je technika, kterou lze použít při forenzní analýze, analýze genetických vazeb a hodnocení rizik genetických chorob. SNP jsou jednonukleotidové polymorfismy, místa v genomu, ve kterých jsou dvě možné sekvence párů bází. SNP mohou poskytovat řadu užitečných genetických informací kvůli skutečnosti, že v různých etnických a geografických populacích existují různé variace SNP.