Vad är Microarray-analys?
DNA-mikroarrayanalys används i molekylärbiologi och diagnostisk medicin för att bestämma vilka gener i en cell som slås på vid en viss tidpunkt. Denna teknik är känd som en multiplexanalys, eftersom den kan mäta tusentals prover i en enda analys. DNA-mikroanalystekniker används för att tolka data från analyser utförda på RNA såväl som DNA, beroende på de specifika kraven i experimentet.
Grunden för DNA-mikroarrayanalys är den höga specificiteten av DNA-molekyler och förmågan att välja unika DNA-sekvenser för att representera en viss gen. Ett mikroarray-analysförsök utförs på en fast yta tillverkad av ett glas- eller silikonchip på vilket en kemisk matris är lagd. På ytan av matrisen är DNA- eller RNA-sönder uppradade i ordnade rader.
När chipet har ställts in med de erforderliga proberna, bereds cellerna som studeras. För att bereda cellerna måste de brytas upp så att nukleinsyrorna de innehåller kan isoleras. En serie reagens tillsättes för att extrahera och koncentrera nukleinsyrorna i cellerna. Därefter läggs nukleinsyraextraktet till chipet, som sedan lämnas i flera timmar för att ge tid för sonderna att interagera och binda till de cellulära nukleinsyrorna. Slutligen läggs en ytterligare serie reagens till chipet för att identifiera platser där cellulära nukleinsyror har bundits till prober.
Microarray-analys används sedan för att bestämma vilka prober som har kunnat detektera cellulära nukleinsyror. Detta är ofta en komplex analys, eftersom ett enda chip kan innehålla tiotusentals unika sonder. Ordningen på sonderna på chipet lagras i en datordatabas så att resultat enkelt kan uppnås. Med hjälp av chipet och databasen kan en forskare utveckla en lista över gener som har bundit till sonder och därför fanns i det ursprungliga cellulära extraktet.
Mikroarrayanalysstekniken används ofta vid genuttrycksprofilering. I denna typ av experiment inställs mikroområdet för att undersöka mönster för genuttryck i celler. Sonder för generna av intresse inkluderas i mikrosystemet, och när experimentet är avslutat kan mikroarray-dataanalys bestämma vilka av generna som studerades aktiverades vid en viss tidpunkt.
Andra användningar för denna teknik inkluderar jämförande genomisk hybridisering och SNP-detektion. Jämförande genomisk hybridisering är ett test som undersöker genomiskt innehåll i celler i relaterade organismer. Denna typ av analys ger information om de genetiska förhållandena mellan olika arter.
SNP-detektion är en teknik som kan användas vid rättsmedicinsk analys, genetisk kopplingsanalys och bedömning av genetiska sjukdomsrisker. SNP är enstaka nukleotidpolymorfismer, platser på genomet där det finns två möjliga baspar-sekvenser. SNP: er kan tillhandahålla en mängd användbar genetisk information på grund av att olika SNP-variationer finns i olika etniska och geografiska populationer.