Hva er mikroarray -analyse?
DNA -mikroarray -analyse brukes i molekylærbiologi og diagnostisk medisin for å bestemme hvilke gener i en celle som er slått på på et bestemt tidspunkt. Denne teknikken er kjent som en multiplex -analyse, fordi den kan måle tusenvis av prøver i en enkelt analyse. DNA -mikroanalyseteknikker brukes til å tolke data fra analyser utført på RNA så vel som DNA, avhengig av de spesielle kravene i eksperimentet.
Grunnlaget for DNA -mikroarray -analyse er den høye spesifisiteten til DNA -molekyler, og evnen til å velge unike sekvenser av DNA for å representere et bestemt gen. Et mikroarray -analyseeksperiment utføres på en fast overflate laget av en glass eller silikonbrikke som er lagt en kjemisk matrise. På overflaten av matrisen er DNA- eller RNA -sonder stilt opp i ordnede rader.
Når brikken er satt opp med de nødvendige sonder, blir cellene som blir studert fremstilt. For å forberede cellene, må de brytes åpne slik at nukleinsyrene de inneholderkan isoleres. En serie reagenser tilsettes for å trekke ut og konsentrere nukleinsyrene som finnes i cellene. Deretter tilsettes nukleinsyreekstraktet til brikken, som deretter blir igjen i flere timer for å gi tid til at sonderne kan samhandle og binde seg til de cellulære nukleinsyrene. Til slutt blir en ytterligere serie reagenser tilsatt til brikken for å identifisere steder der cellulære nukleinsyrer har bundet seg til sonder.
Mikroarray -analyse blir deretter brukt til å bestemme hvilke sonder som har vært i stand til å oppdage cellulære nukleinsyrer. Dette er ofte en kompleks analyse, ettersom en enkelt brikke kan inneholde titusenvis av unike sonder. Rekkefølgen på sonder på brikken lagres i en database slik at resultatene enkelt kan oppnås. Ved hjelp av brikken og databasen kan en forsker utvikle en liste over gener som har bundet til sonder og derfor var til stede i det originale cellulære ekstraktet.
Mikroarray -analyseteknikken brukes ofte i genuttrykksprofilering. I denne typen eksperiment er mikroarray satt opp for å undersøke mønstre av genuttrykk i celler. Prober for genene av interesse er inkludert på mikroarrayen, og når eksperimentet er fullført, kan mikroarray -dataanalyse bestemme hvilken av genene som ble studert som ble slått på på et bestemt tidspunkt.
Andre bruksområder for denne teknikken inkluderer sammenlignende genomisk hybridisering og SNP -deteksjon. Sammenlignende genomisk hybridisering er en test som undersøker genomisk innhold i celler av relaterte organismer. Denne typen analyser gir informasjon om de genetiske sammenhengene mellom forskjellige arter.
SNP -deteksjon er en teknikk som kan brukes i rettsmedisinske analyser, genetisk koblingsanalyse og vurdering av genetisk sykdomsrisiko. SNP er enkeltnukleotid-polymorfismer, steder på genomet der det er to mulige basepar-sekvenser. SNP kan gi en rekke nyttigeGenetisk informasjon på grunn av det faktum at forskjellige SNP -variasjoner eksisterer i forskjellige etniske og geografiske populasjoner.