Qu'est-ce que l'analyse par micropuce?
L'analyse de puces à ADN est utilisée en biologie moléculaire et en médecine diagnostique pour déterminer quels gènes d'une cellule sont activés à un moment donné. Cette technique est connue sous le nom de test multiplex, car elle permet de mesurer des milliers d’échantillons en un seul test. Des techniques de microanalyse d’ADN sont utilisées pour interpréter les données d’essais effectués sur l’ARN ainsi que sur l’ADN, en fonction des besoins particuliers de l’expérience.
La base de l'analyse des puces à ADN est la grande spécificité des molécules d'ADN et la possibilité de choisir des séquences uniques d'ADN pour représenter un gène particulier. Une expérience d'analyse de micropuce est réalisée sur une surface solide constituée d'une puce de verre ou de silicone sur laquelle est déposée une matrice chimique. À la surface de la matrice, les sondes d’ADN ou d’ARN sont alignées.
Une fois la puce configurée avec les sondes requises, les cellules à l’étude sont préparées. Pour préparer les cellules, il faut les ouvrir pour pouvoir isoler les acides nucléiques qu'elles contiennent. Une série de réactifs est ajoutée pour extraire et concentrer les acides nucléiques contenus dans les cellules. Ensuite, l'extrait d'acide nucléique est ajouté à la puce, qui est ensuite laissée pendant plusieurs heures pour laisser le temps aux sondes d'interagir et de se lier aux acides nucléiques cellulaires. Enfin, une autre série de réactifs est ajoutée à la puce pour identifier les emplacements où des acides nucléiques cellulaires se sont liés à des sondes.
L'analyse par micropuce est ensuite utilisée pour déterminer quelles sondes ont été en mesure de détecter des acides nucléiques cellulaires. Cette analyse est souvent complexe, car une seule puce peut contenir des dizaines de milliers de sondes uniques. L'ordre des sondes sur la puce est stocké dans une base de données informatique afin que les résultats puissent être facilement obtenus. En utilisant la puce et la base de données, un scientifique peut développer une liste de gènes qui se sont liés à des sondes et étaient donc présents dans l'extrait cellulaire d'origine.
La technique d'analyse par micropuce est couramment utilisée dans le profilage de l'expression génique. Dans ce type d’expérience, la micropuce est conçue pour examiner les schémas d’expression des gènes dans les cellules. Des sondes pour les gènes d'intérêt sont incluses dans la micropuce, et lorsque l'expérience est terminée, l'analyse des données de la micropuce peut déterminer quels gènes étudiés ont été activés à un moment donné.
D'autres utilisations de cette technique incluent l'hybridation génomique comparative et la détection de SNP. L'hybridation génomique comparative est un test qui examine le contenu génomique dans les cellules d'organismes apparentés. Ce type de test fournit des informations sur les relations génétiques entre différentes espèces.
La détection des SNP est une technique qui peut être utilisée dans les analyses médico-légales, les analyses de liens génétiques et l’évaluation des risques de maladies génétiques. Les SNP sont des polymorphismes mononucléotidiques, des emplacements du génome dans lesquels il existe deux séquences de paires de bases possibles. Les SNP peuvent fournir une gamme d'informations génétiques utiles en raison du fait que différentes variations de SNP existent dans différentes populations ethniques et géographiques.