Jaké jsou různé typy izolačních souprav RNA?
Většina izolačních souprav kyseliny ribonukleové (RNA) může izolovat vysoce kvalitní RNA z celé řady tkání a typů organismů, včetně rostlin, zvířat a virů. Mitochondriální a ribozomální RNA - mRNA a rRNA - v tomto pořadí - mohou vyžadovat specializované soupravy izolace RNA specifické pro malé řetězce RNA. Dalšími faktory, které se mohou lišit mezi různými izolačními soupravami, jsou množství vzorků, které může každá souprava zpracovat, a doba potřebná k úplnému zpracování vzorku.
Nejběžnější typy izolačních souprav RNA lze použít pro širokou škálu aplikací, bez ohledu na to, odkud RNA pochází. Savčí buňky a tkáně patří mezi nejčastější zdroje používané k izolaci a čištění RNA. Rostlinné buňky a viry se také používají v experimentech molekulární biologie, které vyžadují použití izolační soupravy RNA.
Jakmile je vzorek tkáně nebo krve odebrán, musí být připraven na izolaci RNA během kritického procesu známého jako buněčná degradace, separace nebo narušení. Pokud není buněčný materiál narušen, proces izolace RNA vytvoří méně RNA. Nejlepší izolační soupravy RNA zahrnují materiály a zásoby pro buněčnou degradaci před izolací a purifikaci RNA po izolaci.
Ve zvláštních případech, kdy experiment vyžaduje mRNA nebo rRNA, jsou pro RNA řetězce, které jsou zvláště malé, k dispozici specializované soupravy izolace RNA. Materiály a zásoby obsažené v takové sadě se mohou lišit co do množství a velikosti. Tyto RNA izolační soupravy jsou méně běžné než víceúčelové RNA soupravy a může dojít k podstatnému rozdílu v ceně.
Mnoho běžných izolačních souprav RNA je navrženo pro použití se všemi typy tkání a buněk a může dokončit reakci během přibližně 20 minut. Čas potřebný k úplné degradaci buněk se může lišit v závislosti na tom, kde v organismu byly buňky shromážděny. Kromě kroku buněčné degradace je proces izolace RNA a následné čištění relativně standardní, pokud jde o postup a čas.
Dalším rysem, který může být specifický pro určité soupravy, je množství vzorku potřebné pro zpracování reakce. Zatímco některé izolační sady mohou vyžadovat relativně velký objem vzorku, jiné sady mohou dobře fungovat s menším objemem. Tento rozdíl může být výhodný, pokud je objem vzorku omezujícím faktorem.
Několik výrobců izolačních souprav RNA má srovnávací tabulky dostupné na internetu. Tyto grafy lze použít k zobrazení rozdílů mezi různými soupravami, které vyrábějí. Rozdíly mohou zahrnovat specializované typy aplikací, chemikálie a požadované objemy vzorků.