Wat is een genoombrowser?
Een genoombrowser is een webinterface die wordt gebruikt om de fysieke kaart van een chromosoom te bekijken. Deze kaart toont hoeveel DNA twee genen scheidt, gemeten in baseparen. Menselijke chromosomen variëren in grootte van 50 miljoen tot meer dan 250 miljoen basenparen. Een genoombrowser toont schematische weergaven van volledige chromosomen, alsmede "ingezoomde" schema's van afzonderlijke genen en zelfs de werkelijke basenpaarsequentie.
Met een genoombrowser kan de gebruiker over een chromosoom scrollen en op bepaalde locaties inzoomen. Veel genoombrowsers stellen de gebruiker in staat in te zoomen op het niveau van het bekijken van de werkelijke DNA-sequentie, hoewel het echte nut van een browser ligt in het vermogen om genen in hun grotere context te bekijken, in plaats van de DNA-sequentie op nucleotideniveau te bekijken. De gemiddelde grootte van een gen is 3000 basenparen, dus wanneer ingezoomd op het niveau van het basenpaar, ziet de gebruiker minder dan een heel gen. Het grootste menselijke gen, dystrofine, is 2,4 miljoen basenparen lang.
Naast het bekijken van schematische weergaven van genen, kunnen genoombrowsers ook andere nuttige informatie tonen. Dit kan het deel van het gen zijn dat wordt vertaald in eiwit, het mRNA genoemd, en DNA-sequenties die andere functies hebben dan coderen voor eiwit. De genoombrowser kan ook laten zien welke DNA-segmenten werden gebruikt tijdens het sequentiëren van het genoom.
Een groot aantal organismen heeft genomen genomen. Er is geen enkele browser die standaard is op het gebied van genomics, dus genoombrowsers kunnen variëren tussen de genomen sequenties. Genoombrowsers hebben de functie om te zoeken naar genen of interessante sequenties, zodat de gebruiker van de ene genomische locatie naar de andere kan springen. Vanwege de grote omvang van de meeste chromosomen zou het niet efficiënt zijn om over een chromosoom te scrollen om op een interessante locatie te komen.
Sommige genoombrowsers hebben tools die gensorteerders worden genoemd. Deze tool toont een tabel met genen die aan elkaar gerelateerd zijn. De relatie kan van verschillende typen zijn: sequentiehomologie, vergelijkbaar expressieprofiel of genomische nabijheid. De gebruiker zoekt naar een gen met behulp van een woord of zin, selecteert het type relatie dat hij of zij wenst en de gensorteerder geeft de resultaten van de zoekopdracht weer.