Vad är en genombläsare?
En genombläsare är ett webbgränssnitt som används för att visa den fysiska kartan över en kromosom. Denna karta visar hur mycket DNA som separerar två gener, mätt i baspar. Mänskliga kromosomer varierar i storlek från 50 miljoner till över 250 miljoner baspar. En genom-webbläsare visar schematiska framställningar av hela kromosomer såväl som "zooma in" -scheman för enstaka gener och till och med den faktiska basparets sekvens.
Genom webbläsaren gör det möjligt för användaren att bläddra över en kromosom och zooma in på vissa platser. Många genom-webbläsare tillåter användaren att zooma in på nivån för att visa den faktiska DNA-sekvensen, även om den verkliga användbarheten för en webbläsare är i förmågan att se gener i deras större sammanhang, snarare än att se DNA-sekvensen på nukleotidnivå. Genens storlek är 3 000 baspar, så när användaren zoomas in på basparnivån ser användaren mindre än en hel gen. Den största humana genen, dystrofin, är 2,4 miljoner baspar långa.
Förutom att visa schematiska representationer av gener, kan genombläsare också visa annan användbar information. Detta kan inkludera den del av genen som översätts till protein, kallad mRNA, och DNA-sekvenser som har andra funktioner än kodning för protein. Genom webbläsaren kan också visa vilka segment av DNA som användes i processen för sekvensering av genomet.
Ett stort antal organismer har sekvenserat genom. Det finns ingen enda webbläsare som är standard för området genomik, så genom-webbläsare kan variera mellan sekvenserade genom. Genom webbläsare har funktionen att kunna söka efter gener eller sekvenser av intresse, vilket gör att användaren kan hoppa från en genomisk plats till en annan. Det skulle inte vara effektivt att bläddra över en kromosom för att komma till en plats av intresse, på grund av den mycket stora storleken på de flesta kromosomer.
Vissa genomsökare har verktyg som kallas gensorterare. Detta verktyg visar en tabell över gener som är relaterade till varandra. Förhållandet kan vara en av flera typer: sekvenshomologi, liknande uttrycksprofil eller genomisk närhet. Användaren söker efter en gen med ett ord eller en fras, väljer vilken typ av förhållande han eller hon vill ha, och genens sorterare visar sökresultaten.