Genome Browserとは何ですか？

ゲノムブラウザは、染色体の物理的な地図を表示するために使用されるウェブインターフェースです。 このマップは、塩基対で測定して、2つの遺伝子を分離するDNAの量を示しています。 ヒトの染色体のサイズは5000万から2億5000万塩基対の範囲です。 ゲノムブラウザは、染色体全体の概略図と、単一遺伝子の実際の塩基対配列の「拡大」図を表示します。

ゲノムブラウザを使用すると、ユーザーは染色体をスクロールして特定の場所を拡大できます。 多くのゲノムブラウザーでは、ユーザーは実際のDNAシーケンスを表示するレベルでズームインできますが、ブラウザーの実際の有用性は、ヌクレオチドレベルでDNAシーケンスを表示するのではなく、より大きなコンテキストで遺伝子を表示できることです。 遺伝子の平均サイズは3,000塩基対であるため、塩基対レベルで拡大すると、ユーザーは遺伝子全体よりも少なく表示されます。 最大のヒト遺伝子であるジストロフィンは240万塩基対の長さです。

遺伝子の概略図を表示することに加えて、ゲノムブラウザは他の有用な情報も表示する場合があります。 これには、mRNAと呼ばれるタンパク質に翻訳される遺伝子の部分と、タンパク質をコードする以外の機能を持つDNA配列が含まれます。 ゲノムブラウザーは、ゲノムのシーケンシングのプロセスで使用されたDNAのセグメントも表示する場合があります。

多数の生物がゲノムの配列を決定しています。 ゲノミクスの分野で標準的な単一のブラウザはないため、ゲノムブラウザはシーケンスされたゲノムによって異なる場合があります。 ゲノムブラウザには、目的の遺伝子または配列を検索できる機能があり、ユーザーはあるゲノム位置から別の位置にジャンプできます。 ほとんどの染色体はサイズが非常に大きいため、目的の場所に到達するために染色体をスクロールするのは効率的ではありません。

一部のゲノムブラウザには、遺伝子ソーターと呼ばれるツールがあります。 このツールは、相互に関連する遺伝子の表を表示します。 関係は、配列相同性、類似の発現プロファイル、またはゲノム近接性のいずれかのタイプになります。 ユーザーは単語またはフレーズを使用して遺伝子を検索し、希望する関係のタイプを選択すると、遺伝子ソーターが検索結果を表示します。