ゲノムブラウザとは何ですか？

ゲノムブラウザは、染色体の物理マップを表示するために使用されるWebインターフェイスです。 このマップは、塩基対で測定された2つの遺伝子を分離するDNAの量を示しています。 ヒト染色体のサイズは、5000万から2億5,000万ペアを超える範囲です。 ゲノムブラウザは、染色体全体の概略図を示し、単一遺伝子の「ズームイン」と実際の塩基対シーケンスさえ示します。 多くのゲノムブラウザーにより、ユーザーは実際のDNA配列を表示するレベルでズームインできますが、ブラウザの実際のユーティリティは、ヌクレオチドレベルでDNA配列を表示するのではなく、より大きなコンテキストで遺伝子を表示する機能です。 遺伝子の平均サイズは3,000塩基対です。したがって、塩基対レベルでズームインすると、ユーザーは遺伝子全体よりも少なくなります。 最大のヒト遺伝子であるジストロフィンは、240万ペアの長さです。

スキーマの表示に加えて遺伝子のTIC表現、ゲノムブラウザーは、他の有用な情報も示す場合があります。これには、mRNAと呼ばれるタンパク質に翻訳される遺伝子の部分、およびタンパク質をコードする以外の機能を持つDNA配列を含めることができます。 ゲノムブラウザは、ゲノムのシーケンスプロセスで使用されたDNAのセグメントを示している場合もあります。

多数の生物がゲノムを配列決定しました。 ゲノミクスの分野に標準的な単一のブラウザはないため、ゲノムブラウザーはシーケンスされたゲノム間で異なる場合があります。ゲノムブラウザは、関心のある遺伝子またはシーケンスを検索できる機能を備えており、ユーザーがあるゲノムの位置から別のゲノムの位置にジャンプできるようにします。ほとんどの染色体のサイズが非常に大きいため、染色体を横切ってスクロールして関心のある場所に到達するのは効率的ではありません。

いくつかのゲノムブラウザには、遺伝子ソルターと呼ばれるツールがあります。 このツールdi互いに関連する遺伝子のテーブルを散布します。 関係は、シーケンス相同性、類似の表現プロファイル、またはゲノムの近接性のいくつかのタイプの1つです。 ユーザーは、単語またはフレーズを使用して遺伝子を検索し、希望する関係のタイプを選択し、Gene Sorterは検索の結果を表示します。