Co je prohlížeč genomu?
Prohlížeč genomu je webové rozhraní používané k prohlížení fyzické mapy chromozomu. Tato mapa ukazuje, kolik DNA odděluje dva geny, měřeno v párech bází. Velikost lidských chromozomů se pohybuje od 50 milionů do více než 250 milionů párů bází. Prohlížeč genomu ukazuje schematické znázornění celých chromozomů a také „zvětšené“ schémata jednotlivých genů a dokonce i skutečné sekvence párů bází.
Prohlížeč genomu umožňuje uživateli procházet chromozomem a přibližovat na určitých místech. Mnoho prohlížečů genomu umožňuje uživateli přiblížit se na úrovni prohlížení skutečné sekvence DNA, i když skutečnou užitečností prohlížeče je schopnost prohlížet geny v jejich větším kontextu, spíše než prohlížet sekvenci DNA na úrovni nukleotidů. Průměrná velikost genu je 3 000 párů bází, takže při přiblížení na úrovni párů bází uvidí uživatel méně než celý gen. Největší lidský gen, dystrofin, je dlouhý 2,4 milionu párů bází.
Kromě prohlížení schematických reprezentací genů mohou prohlížeče genomu také zobrazovat další užitečné informace. To může zahrnovat část genu, která je přeložena do proteinu, nazývaná mRNA, a sekvence DNA, které mají jiné funkce než kódování proteinu. Prohlížeč genomu může také ukázat, které segmenty DNA byly použity v procesu sekvenování genomu.
Velké množství organismů má sekvenované genomy. Neexistuje žádný jediný prohlížeč, který je standardní pro oblast genomiky, takže prohlížeče genomu se mohou mezi sekvencovanými genomy lišit. Prohlížeče genomu mají funkci vyhledání požadovaných genů nebo sekvencí, což uživateli umožňuje přejít z jednoho genomického umístění na druhé. Nebylo by efektivní procházet chromozomem a dostat se na místo zájmu kvůli velmi velké velikosti většiny chromozomů.
Některé prohlížeče genomu mají nástroje nazývané třídiče genů. Tento nástroj zobrazí tabulku genů, které spolu souvisí. Vztah může být jeden z několika typů: sekvenční homologie, podobný profil exprese nebo genomická blízkost. Uživatel vyhledává gen pomocí slova nebo fráze, vybere typ vztahu, který by chtěl, a třídění genů zobrazí výsledky vyhledávání.