Hva er en genomleser?
En genomleser er et nettgrensesnitt som brukes til å se det fysiske kartet over et kromosom. Dette kartet viser hvor mye DNA som skiller to gener, målt i basepar. Menneskelige kromosomer varierer i størrelse fra 50 millioner til over 250 millioner basepar. En genomleser viser skjematiske fremstillinger av hele kromosomer i tillegg til "zoomet inn" -skjemaer av enkeltgener og til og med den faktiske basepar-sekvensen.
En genomleser lar brukeren bla gjennom et kromosom og zoome inn på bestemte steder. Mange genom-nettlesere lar brukeren zoome inn på nivået med å se den faktiske DNA-sekvensen, selv om nettleserens virkelige nytte er i muligheten til å se gener i deres større sammenheng, i stedet for å se DNA-sekvensen på nukleotidnivå. Gjennomsnittsstørrelsen på et gen er 3000 basepar, så når zoomet inn på baseparnivå, vil brukeren se mindre enn et helt gen. Det største humane genet, dystrofin, er 2,4 millioner basepar.
I tillegg til å vise skjematiske fremstillinger av gener, kan genomlesere også vise annen nyttig informasjon. Dette kan inkludere den delen av genet som er oversatt til protein, kalt mRNA, og DNA-sekvenser som har andre funksjoner enn koding for protein. Genomleseren kan også vise hvilke segmenter av DNA som ble brukt i prosessen med å sekvensere genomet.
Et stort antall organismer har sekvensert genomer. Det er ingen enkelt nettleser som er standard for genomikken, så genom-nettlesere kan variere mellom sekvensbestemte genomer. Genomlesere har den funksjonen å kunne søke etter gener eller sekvenser av interesse, slik at brukeren kan hoppe fra et genomisk sted til et annet. Det ville ikke være effektivt å bla gjennom et kromosom for å komme til et sted som er interessert, på grunn av den veldig store størrelsen på de fleste kromosomer.
Noen genomlesere har verktøy som kalles gensorterere. Dette verktøyet viser en tabell over gener som er relatert til hverandre. Forholdet kan være en av flere typer: sekvenshomologi, lignende uttrykksprofil eller genomisk nærhet. Brukeren søker etter et gen ved hjelp av et ord eller en frase, velger hvilken type relasjon han eller hun ønsker, og gensortereren viser resultatene av søket.