Wat is een ubiquitinatietest?
Ubiquitinatie verwijst naar de binding van het eiwit ubiquitine aan andere eiwitten door drie verschillende enzymen. Een ubiquitinatietest is een test die bepaalt hoeveel van dit proces in de cel plaatsvindt. Tests kunnen worden gebruikt om te bepalen hoe verschillende omstandigheden de eiwitbinding beïnvloeden, stappen en structuren die belangrijk zijn in de ubiquitinnation-route en de hoeveelheid eiwit in de cel. Ontoereikende of overmatige hoeveelheden zijn gekoppeld aan de ontwikkeling van veel verschillende ziekten.
Een eiwit dat in cellen wordt aangetroffen, de functie van ubiquitine is om aan eiwitten te binden terwijl het als een "tag" of signaal naar andere structuren fungeert. Deze "tag" signaleert vervolgens enzymen om te weten dat het eiwit kan worden vernietigd, gerecycled of verplaatst. Het resultaat is de vernietiging of het transport van eiwitten.
Deze tagging-eiwitten zijn belangrijk voor DNA-herstel, virale infecties en immuunrespons. Andere belangrijke functies omvatten rollen in celdood, celdeling en ontwikkeling van cellen. Te veel ubiquitine, of het ontbreken daarvan, kan een rol spelen bij de vorming van veel ziekten, zoals kanker, genetische aandoeningen en ziekten van het immuunsysteem.
Onderzoekers zullen een ubiquitinatietest gebruiken om te proberen te bepalen welke omstandigheden de concentratie van het eiwit in de cel veranderen en zieke cellen vergelijken met gezonde cellen. Wetenschappers gebruiken het ook om te onderzoeken welke omstandigheden een verandering in binding veroorzaken. Bovendien kunnen ze proberen specifieke DNA-code te koppelen aan de hoeveelheid enzymen in de cel.
Er is meer dan één type ubiquitinatietest dat onderzoekers specifiek gebruiken. Men zal het percentage eiwitten bepalen dat gebonden is aan ubiquintin. Een ander onderzoekt de activiteit van enzymen of de aanwezigheid van andere tussenproducten die in de ubiquinatieroute worden gevonden. Verschillende testen worden ontwikkeld op basis van het doeleiwit waaraan ubiquitine zal binden.
De basis van een ubiquitinatietest is om een verbinding op te nemen die is gelabeld met behulp van een andere gemakkelijk te meten chemische stof. In oncologische testen kan ubiquitine worden gelabeld met cryptaat, een verbinding die twee stikstofatomen bevat. Dit kan worden gebruikt om te bepalen welk enzym het meest actief is in de cel.
Een ubiquitinatietest bestaat uit twee stappen. De eerste is een enzymatische stap waarbij enzymen het gelabelde ubiquitine aan het doeleiwit binden. De tweede is een detectiestap waarin binding van het doeleiwit wordt onderzocht met behulp van een conjugaat zoals een antilichaam. Het antilichaam zal fluoresceren of van kleur veranderen, waardoor de onderzoeker vervolgens de activiteit van de enzymen kan bepalen.