Co to jest test Ubiquitination?

Ubikwitynacja dotyczy wiązania białka ubikwityny z innymi białkami przez trzy różne enzymy. Test ubikwitynacji to test, który określa, ile tego procesu zachodzi w komórce. Testy mogą być wykorzystane do ustalenia, w jaki sposób różne warunki wpływają na wiązanie białka, etapy i struktury, które są ważne na szlaku ubikwitynacji, oraz ilość białka w komórce. Niewystarczające lub nadmierne ilości są związane z rozwojem wielu różnych chorób.

Białko występujące w komórkach, funkcja ubikwityny polega na wiązaniu się z białkami podczas działania jako „znacznik” lub sygnał dla innych struktur. Ten „znacznik” następnie sygnalizuje enzymom informację, że białko można zniszczyć, poddać recyklingowi lub przenieść. Rezultatem jest zniszczenie lub transport białek.

Te białka znakujące są ważne dla naprawy DNA, infekcji wirusowych i odpowiedzi immunologicznej. Inne ważne funkcje obejmują role w śmierci komórki, podziale komórkowym i rozwoju komórek. Zbyt dużo ubikwityny lub jej brak może odgrywać rolę w powstawaniu wielu chorób, takich jak rak, zaburzenia genetyczne i choroby układu odpornościowego.

Naukowcy zastosują test ubikwitynacji, aby ustalić, które warunki zmieniają stężenie białka w komórce i porównują chore komórki ze zdrowymi komórkami. Naukowcy używają go również do badania, jakie warunki spowodują zmiany w wiązaniu. Dodatkowo mogą próbować powiązać określony kod DNA z ilością enzymów w komórce.

Istnieje więcej niż jeden rodzaj testu wszechobecności, którego naukowcy używają specjalnie. Jeden określa procent białek związanych z ubikwintyną. Inny bada aktywność enzymów lub obecność jakichkolwiek innych związków pośrednich w szlaku ubikwinacji. Różne testy są opracowywane na podstawie docelowego białka, z którym wiąże się ubikwityna.

Podstawą testu wszechobecności jest wprowadzenie związku, który jest znakowany przy użyciu innej łatwo mierzalnej substancji chemicznej. W testach onkologicznych ubikwityna może być znakowana kryptatem, związkiem zawierającym dwa atomy azotu. Można to wykorzystać do ustalenia, który enzym jest najbardziej aktywny w komórce.

Test ubikwitynacji będzie składał się z dwóch etapów. Pierwszy to etap enzymatyczny, w którym enzymy wiążą znakowaną ubikwitynę z docelowym białkiem. Drugi to etap wykrywania, w którym wiązanie docelowego białka bada się za pomocą koniugatu, takiego jak przeciwciało. Przeciwciało fluoryzuje lub zmienia kolor, co następnie pozwala badaczowi określić aktywność enzymów.