Vad är en Ubiquitination-analys?
Ubiquitination avser bindningen av proteinet ubiquitin till andra proteiner av tre olika enzymer. En ubikvitationsanalys är ett test som bestämmer hur mycket av denna process som sker i cellen. Tester kan användas för att bestämma hur olika förhållanden påverkar proteinbindning, steg och strukturer som är viktiga i ubiquitinnationsvägen och mängden protein i cellen. Otillräckliga eller överflödiga mängder har kopplats till utvecklingen av många olika sjukdomar.
Ett protein som finns i celler, funktionen av ubiquitin är att binda till proteiner samtidigt som den fungerar som en "tagg" eller signal till andra strukturer. Denna "tagg" signalerar sedan enzymer för att veta att proteinet kan förstöras, återvinnas eller flyttas. Resultatet är förstörelse eller transport av proteiner.
Dessa märkningsproteiner är viktiga för DNA-reparation, virusinfektioner och immunsvar. Andra viktiga funktioner inkluderar roller i celldöd, celldelning och utveckling av celler. För mycket ubiquitin, eller brist på det, kan spela en roll i bildandet av många sjukdomar, såsom cancer, genetiska störningar och immunsystemets sjukdomar.
Forskare kommer att använda en ubiquitineringsanalys för att försöka bestämma vilka förhållanden som förändrar koncentrationen av proteinet i cellen och jämföra sjuka celler med friska celler. Forskare använder det också för att undersöka vilka förhållanden som kommer att orsaka förändringar i bindningen. Dessutom kan de försöka koppla specifik DNA-kod till mängden enzymer i cellen.
Det finns mer än en typ av ubikvitationsanalys som forskare specifikt använder. Man kommer att bestämma procentandelen proteiner som är bundna med ubiquintin. En annan undersöker aktiviteten hos enzymer eller närvaron av andra mellanprodukter som finns i ubiquineringsvägen. Olika analyser utvecklas baserat på målproteinet som ubiquitin kommer att binda till.
Grunden för en ubiquitineringsanalys är att införliva en förening som är märkt med hjälp av en annan lättmätt kemikalie. I onkologianalyser kan ubiquitin märkas med kryptat, en förening som innehåller två kväveatomer. Detta kan användas för att bestämma vilket enzym som är mest aktivt i cellen.
En ubikvitationsanalys kommer att ha två steg. Det första är ett enzymatiskt steg där enzymer binder det märkta ubiquitinet till målproteinet. Det andra är ett detekteringssteg i vilket bindning av målproteinet undersöks med användning av ett konjugat såsom en antikropp. Antikroppen kommer att fluorescera eller ändra färg, vilket sedan gör det möjligt för forskaren att bestämma enzymens aktivitet.