¿Qué es un promotor proximal?
Un promotor proximal es una región en ácido desoxirribonucleico (ADN) justo antes del comienzo de un gen donde las proteínas y otras moléculas se unen en preparación para leer ese gen. La región promotora es esencial para que la mayoría de los genes se lean y se transcriban en proteínas, tanto en células procariotas simples como en eucariotas más complejos. Una variedad de proteínas llamadas factores de transcripción se unen al ADN en esta región, y realizan muchas tareas preparándose para la transcripción génica. La más importante de estas funciones es construir un armazón de proteínas que mantenga abierto el ADN y transcriba el gen apropiado al mismo tiempo.
La ubicación y estructura exactas de un promotor proximal varía entre genes y tipos de células. Las células procariotas, las que no tienen núcleo, generalmente tienen un tipo de promotor, mientras que las células eucariotas, las que tienen un núcleo verdadero, tienen otro. Los promotores generalmente mienten unos pocos nucleótidos corriente arriba o antes del gen que controlan. Casi todos los promotores contienen una secuencia especial de nucleótidos que lo identifica como tal. En general, los promotores procariotas se identifican por un grupo de nucleótidos llamado secuencia Shine-Dalgarno, y los promotores eucariotas se identifican por una secuencia genética específica llamada caja TATA.
A pesar de estas reglas relativamente simples, no todos los promotores proximales las siguen, lo que puede dificultar su identificación y los genes que controlan. La distancia entre un promotor y su gen no se fija dentro de una especie o dentro de un solo organismo, por lo que determinar dónde se sientan en relación entre sí no es trivial. Las composiciones de secuencia promotora proximal no siempre son idénticas; pueden ser muy largos, de composición o de ambos. Además, las secuencias marcadoras de la caja Shine-Dalgarno o la caja TATA tienen cierta variabilidad. Cómo los variados factores de transcripción reconocen a los promotores frente a esta variabilidad inherente no es fácil de determinar, y con frecuencia aparecen nuevos ejemplos que ponen en duda estas soluciones previamente robustas.
Cuando un gen está muy cerca de otro gen, existe la posibilidad de que su promotor proximal pueda verse afectado por la acción del gen cercano. A veces, esto se hace a propósito en el genoma, tal vez para estimular múltiples genes a la vez o regular su acción simultáneamente. En otras ocasiones, una conexión entre dos genes a través de la actividad de un promotor se realiza por error. Para evitar esta conversación cruzada entre genes donde no está garantizada, algunos genomas tienen regiones aislantes entre ellos. Esta región adicional no siempre es necesaria, y algunos genomas evitan las conversaciones cruzadas mediante el posicionamiento de genes de otras maneras, como forzar a un gen a estar inactivo mientras que otro está activo.