Vad är en proximal promotor?
En proximal promotor är en region i Deoxyribonucleic acid (DNA) strax före början av en gen där proteiner och andra molekyler binder i beredning för att läsa den genen. Promotorregionen är nödvändig för att de flesta gener ska läsas och transkriberas till protein, i både enkla prokaryota celler och de mer komplexa eukaryoterna. En mängd proteiner som kallas transkriptionsfaktorer binder till DNA i denna region, och de utför många uppgifter som förbereder sig för gentranskription. Den viktigaste av dessa funktioner är att bygga ett byggnadsställning av proteiner som håller DNA öppet och transkriberar rätt gen på samma gång.
Den exakta platsen och strukturen för en proximal promotor varierar mellan gener och celltyper. Prokaryota celler, de med ingen kärna, har vanligtvis en typ av promotor medan eukaryota celler, de med en sann kärna, har en annan. Promotorer ligger vanligtvis några nukleotider uppströms om eller tidigare genen som de kontrollerar. Nästan varje promotor innehåller en speciell sekvens av nukleotider som identifierar den som sådan. I allmänhet identifieras prokaryota promotorer av en grupp nukleotider som kallas Shine-Dalgarno-sekvensen och eukaryota promotorer identifieras med en specifik genetisk sekvens som kallas TATA-rutan.
Trots dessa relativt enkla regler följer inte alla proximala promotorer dem, vilket kan göra identifieringen av dem och generna de kontrollerar något svårt. Avståndet mellan en promotor och dess gen är inte fixerat inom en art eller inom en enda organisme, så att bestämma var de sitter i förhållande till varandra är inte trivialt. Proximala promotorsekvenskompositioner är inte alltid identiska; de kan mycket i längd, komposition eller båda. Dessutom har markörsekvenserna för Shine-Dalgarno-rutan eller TATA-rutan viss variation i dem. Hur de olika transkriptionsfaktorerna känner igen promotorer inför denna inneboende variation är inte lätt att fastställa, och nya exempel dyker upp ofta som ifrågasätter dessa tidigare robusta lösningar.
När en gen är mycket nära en annan gen finns möjligheten att dess proximala promotor kan påverkas av verkan av den närliggande genen. Ibland görs detta med avsikt i genomet, kanske för att stimulera flera gener samtidigt eller reglera deras handling samtidigt. Vid andra tillfällen görs en koppling mellan två gener genom en promotors aktivitet felaktigt. För att förhindra detta tvärtal mellan gener där det inte är berättigat har vissa genom isolatorregioner mellan dem. Denna extra region är inte alltid nödvändig, och vissa genom förhindrar korssamtal genom genpositionering på andra sätt, som att tvinga en gen att vara inaktiv medan en annan är aktiv.