Hvad er en proximal promotor?
En proximal promotor er et område i Deoxyribonucleic acid (DNA) lige inden starten af et gen, hvor proteiner og andre molekyler binder sig under forberedelse til at læse dette gen. Promotorregionen er essentiel for, at de fleste gener kan læses og transkriberes til protein, både i enkle prokaryote celler og i de mere komplekse eukaryoter. En række proteiner, der kaldes transkriptionsfaktorer, binder til DNA i denne region, og de udfører mange opgaver, der forbereder sig på gentranskription. Den vigtigste af disse funktioner er at opbygge et stillads af proteiner, der holder DNA'et åbent og transkriberer det rigtige gen på samme tid.
Den nøjagtige placering og struktur af en proximal promotor varierer mellem gener og celletyper. Prokaryotiske celler, dem uden kerne, har normalt en type promotor, mens eukaryote celler, dem med en ægte kerne, har en anden. Promotorer ligger normalt et par nukleotider opstrøms for eller før det gen, de kontrollerer. Næsten hver promotor indeholder en speciel sekvens af nukleotider, der identificerer det som sådan. Generelt identificeres prokaryotiske promotorer af en gruppe nukleotider kaldet Shine-Dalgarno-sekvensen, og eukaryote promotorer identificeres ved en specifik genetisk sekvens kaldet TATA-boksen.
På trods af disse relativt enkle regler følger ikke alle proximale promotorer dem, hvilket kan gøre det lettere at identificere dem og generne, de kontrollerer, noget vanskelige. Afstanden mellem en promotor og dets gen er ikke fastlagt inden for en art eller inden for en enkelt organisme, så det er ikke trivielt at bestemme, hvor de sidder i forhold til hinanden. Proximale promotorsekvenssammensætninger er ikke altid identiske; de kan meget i længde, sammensætning eller begge dele. Derudover har markørsekvenserne for Shine-Dalgarno-boksen eller TATA-boksen en vis variation i dem. Hvordan de forskellige transkriptionsfaktorer genkender promotorer i lyset af denne iboende variation er ikke let at bestemme, og der vises ofte nye eksempler, der rejser spørgsmålstegn ved disse tidligere robuste løsninger.
Når et gen er meget tæt på et andet gen, eksisterer muligheden for, at dens proksimale promotor kan blive påvirket af virkningen af det nærliggende gen. Nogle gange gøres dette målrettet i genomet, måske for at stimulere flere gener på en gang eller regulere deres handling samtidig. På andre tidspunkter udføres en forbindelse mellem to gener gennem en promotors aktivitet ved en fejl. For at forhindre denne tværgående tale mellem gener, hvor det ikke er berettiget, har nogle genomer isolatorregioner imellem. Denne ekstra region er ikke altid nødvendig, og nogle genomer forhindrer krydstale ved genpositionering på andre måder, som at tvinge et gen til at være inaktivt, mens et andet er aktivt.