Wat is een proximale promotor?

Een proximale promotor is een gebied in deoxyribonucleïnezuur (DNA) net voor het begin van een gen waar eiwitten en andere moleculen binden in bereiding om dat gen te lezen. Het promotorgebied is essentieel dat de meeste genen worden gelezen en getranscribeerd in eiwitten, zowel in eenvoudige prokaryotische cellen als de meer complexe eukaryoten. Een verscheidenheid aan eiwitten genaamd transcriptiefactoren binden aan het DNA in deze regio en ze voeren vele taken uit die zich voorbereiden op gentranscriptie. De belangrijkste van deze functies is het bouwen van een steiger van eiwitten die het DNA openhoudt en het juiste gen tegelijkertijd transcribeert.

De exacte locatie en structuur van een proximale promoter varieert tussen genen en celtypen. Prokaryotische cellen, die zonder kern, hebben meestal één type promotor terwijl eukaryotische cellen, die met een echte kern, een andere hebben. Promoters liggen meestal een paar nucleotiden stroomopwaarts van, of voorheen, het gen dat ze beheersen. Bijna elke promotor bevat een speciale volgordeEnce van nucleotiden die het als zodanig identificeert. Over het algemeen worden prokaryotische promotors geïdentificeerd door een groep nucleotiden die de Shine-Dalgarno-sequentie worden genoemd, en eukaryotische promoters worden geïdentificeerd door een specifieke genetische sequentie genaamd de Tata-box.

Ondanks deze relatief eenvoudige regels, volgt niet elke proximale promotor hen, waardoor ze kunnen identificeren, en de genen die ze beheersen, enigszins moeilijk. De afstand tussen een promotor en zijn gen is niet vastgesteld binnen een soort of binnen een enkel organisme, dus het bepalen waar ze in relatie tot elkaar zitten is niet triviaal. Proximale promotorsequentiesamenstellingen zijn niet altijd identiek; Ze kunnen heel lang, compositie of beide. Bovendien hebben de markersequenties van de Shine-Dalgarno-box of Tata-box enige variabiliteit erin. Hoe de gevarieerde transcriptiefactoren promoters herkennen in het licht van deze inherente variabiliteit isNiet eenvoudig te bepalen, en nieuwe voorbeelden verschijnen vaak die deze eerder robuuste oplossingen in twijfel trekken.

Wanneer een gen heel dicht bij een ander gen ligt, bestaat de mogelijkheid dat zijn proximale promotor kan worden beïnvloed door de werking van het nabijgelegen gen. Soms wordt dit met opzet in het genoom gedaan, misschien om meerdere genen tegelijk te stimuleren of hun actie tegelijkertijd te reguleren. Op andere momenten wordt een verband tussen twee genen door de activiteit van een promotor in fout gedaan. Om deze overspraak tussen genen te voorkomen waar het niet gerechtvaardigd is, hebben sommige genomen isolatorgebieden ertussen. Deze extra regio is niet altijd nodig, en sommige genomen voorkomen over overspraak door genenpositionering op andere manieren, zoals het dwingen van het ene gen om inactief te zijn, terwijl het andere actief is.