Co to jest Proximal Promotor?

Promotor proksymalny to region kwasu dezoksyrybonukleinowego (DNA) tuż przed początkiem genu, w którym białka i inne cząsteczki wiążą się w przygotowaniu do odczytu tego genu. Region promotora jest niezbędny do odczytu i transkrypcji większości genów w białku, zarówno w prostych komórkach prokariotycznych, jak i bardziej złożonych eukariotach. Różnorodne białka zwane czynnikami transkrypcyjnymi wiążą się z DNA w tym regionie i wykonują wiele zadań przygotowując się do transkrypcji genów. Najważniejszą z tych funkcji jest budowanie rusztowania białek, które utrzymują DNA otwarte i jednocześnie transkrybują właściwy gen.

Dokładna lokalizacja i struktura proksymalnego promotora różni się w zależności od genów i typów komórek. Komórki prokariotyczne, te bez jądra, zwykle mają jeden typ promotora, podczas gdy komórki eukariotyczne, te z prawdziwym jądrem, mają inny. Promotory zwykle leżą kilka nukleotydów powyżej lub przed genem, który kontrolują. Prawie każdy promotor zawiera specjalną sekwencję nukleotydów, która identyfikuje ją jako taką. Ogólnie, promotory prokariotyczne są identyfikowane przez grupę nukleotydów zwaną sekwencją Shine-Dalgarno, a promotory eukariotyczne są identyfikowane przez określoną sekwencję genetyczną zwaną ramką TATA.

Pomimo tych stosunkowo prostych zasad, nie każdy proksymalny promotor stosuje się do nich, co może utrudnić ich identyfikację, a geny, które kontrolują, są nieco trudne. Odległość między promotorem a jego genem nie jest ustalona w obrębie gatunku lub jednego organizmu, więc ustalenie, gdzie siedzą względem siebie, nie jest banalne. Proksymalne kompozycje sekwencji promotora nie zawsze są identyczne; mogą mieć bardzo długą długość, skład lub jedno i drugie. Ponadto sekwencje markerów ramki Shine-Dalgarno lub ramki TATA mają w nich pewną zmienność. Jak różne czynniki transkrypcyjne rozpoznają promotory w obliczu tej nieodłącznej zmienności, nie jest łatwe do ustalenia, a często pojawiają się nowe przykłady, które podważają te wcześniej solidne rozwiązania.

Gdy gen jest bardzo blisko innego genu, istnieje możliwość, że działanie jego pobliskiego genu może mieć wpływ na jego proksymalny promotor. Czasami odbywa się to celowo w genomie, być może w celu stymulowania wielu genów jednocześnie lub regulowania ich działania jednocześnie. W innych przypadkach połączenie między dwoma genami poprzez aktywność promotora odbywa się błędnie. Aby zapobiec rozmowom między genami, w których nie jest to uzasadnione, niektóre genomy mają regiony izolujące między nimi. Ten dodatkowy region nie zawsze jest konieczny, a niektóre genomy zapobiegają rozmowie poprzez pozycjonowanie genów w inny sposób, na przykład zmuszając jeden gen do nieaktywności, podczas gdy inny jest aktywny.