Co to jest bliższy promotor?

Bliższy promotor jest regionem kwasu dezoksyrybonukleinowego (DNA) tuż przed rozpoczęciem genu, w którym białka i inne cząsteczki wiążą się w przygotowaniu do odczytania tego genu. Region promotora jest niezbędny, aby większość genów była odczytana i transkrybowana do białka, zarówno w prostych komórkach prokariotycznych, jak i bardziej złożonych eukariotach. Różnorodne białka zwane czynnikami transkrypcyjnymi wiążą się z DNA w tym regionie i wykonują wiele zadań przygotowujących do transkrypcji genów. Najważniejszą z tych funkcji jest budowanie rusztowania białek, które utrzymują DNA otwarte i jednocześnie transkrybuje odpowiedni gen.

Dokładna lokalizacja i struktura proksymalnego promotora różnią się w zależności od genów i typów komórek. Komórki prokariotyczne, te bez jądra, zwykle mają jeden rodzaj promotora, podczas gdy komórki eukariotyczne, te z prawdziwym jądrem, mają inny. Promotory zwykle leżą kilka nukleotydów powyżej lub wcześniej, które kontrolują. Prawie każdy promotor zawiera specjalną sekundęEnce nukleotydów, które to identyfikują jako takie. Ogólnie rzecz biorąc, promotory prokariotyczne są identyfikowane przez grupę nukleotydów zwanych sekwencją Shine-Dalgarno, a promotory eukariotyczne są identyfikowane przez określoną sekwencję genetyczną zwaną skrzynką Tata.

Pomimo tych stosunkowo prostych zasad, nie każdy proksymalny promotor śledzi je, co może sprawić, że ich identyfikacja, a geny, które kontrolują, nieco trudne. Odległość między promotorem a jego genem nie jest ustalona w gatunku lub w jednym organizmie, więc określenie, gdzie siedzą w stosunku do siebie, nie jest trywialne. Kompozycje proksymalne sekwencji promotora nie zawsze są identyczne; Mogą bardzo długa, skład lub jedno i drugie. Ponadto sekwencje markerów pudełka Shine-Dalgarno lub pudełka Tata mają pewną zmienność. Jak różnorodne czynniki transkrypcyjne rozpoznają promotory w obliczu tej nieodłącznej zmiennościNie jest łatwe do ustalenia, a nowe przykłady często się pojawiają, które kwestionują te wcześniej solidne rozwiązania.

Gdy gen jest bardzo blisko innego genu, istnieje możliwość, że działanie pobliskiego genu może wpłynąć jego proksymalny promotor. Czasami odbywa się to celowo w genomie, być może w celu stymulowania wielu genów jednocześnie lub regulowania ich działania jednocześnie. Innym razem połączenie między dwoma genami poprzez aktywność promotora odbywa się błędnie. Aby zapobiec temu rozmowom między genami, w których nie jest to uzasadnione, niektóre genomy mają między nimi obszary izolatorowe. Ten dodatkowy region nie zawsze jest konieczny, a niektóre genomy zapobiegają przenikaniu przez pozycjonowanie genów na inne sposoby, na przykład zmuszanie jednego genu do nieaktywnego, podczas gdy inny jest aktywny.