Co je to proximální promotor?
Proximální proximální promotor je oblast v deoxyribonukleové kyselině (DNA) těsně před začátkem genu, kde se proteiny a jiné molekuly vážou v přípravě ke čtení tohoto genu. Promotorová oblast je nezbytná pro čtení a přepisování do proteinu, a to jak v jednoduchých prokaryotických buňkách, tak v komplexnějších eukaryotech. Řada proteinů zvaných transkripční faktory se vážou na DNA v této oblasti a provádějí mnoho úkolů připravujících se na transkripci genu. Nejdůležitější z těchto funkcí je budování lešení proteinů, které drží DNA otevřenou a přepisuje správný gen současně.
Přesná poloha a struktura proximálního promotoru se mezi geny a typy buněk liší. Prokaryotické buňky, buňky bez jádra, obvykle mají jeden typ promotoru, zatímco eukaryotické buňky, buňky se skutečným jádrem, mají další. Promotory obvykle leží několik nukleotidů proti proudu nebo dříve genu, který řídí. Téměř každý promotér obsahuje speciální sekvenceence nukleotidů, které je identifikují jako takové. Obecně jsou prokaryotické promotory identifikovány skupinou nukleotidů nazývaných sekvence Shine-Dalgarno a eukaryotické promotory jsou identifikovány specifickou genetickou sekvencí zvanou Tata Box.
Navzdory těmto relativně jednoduchým pravidlům ne každý proximální promotor je následuje, což je může ztěžovat, a geny, které kontrolují, poněkud obtížné. Vzdálenost mezi promotorem a jeho genem není fixována uvnitř druhu nebo v rámci jediného organismu, takže určení, kde sedí ve vztahu k sobě, není triviální. Proximální složení sekvence proximálního promotoru nejsou vždy identické; Mohou velmi na délku, složení nebo obojí. Kromě toho mají markerové sekvence krabice Shine-Dalgarno nebo Tata Box určitou variabilitu. Jak rozmanité transkripční faktory rozpoznávají promotory tváří v tvář této vlastní variabilitěNení snadné určit a nové příklady se často objevují, které zpochybňují tato dříve robustní řešení.
Když je gen velmi blízký jinému genu, existuje možnost, že jeho proximální promotor by mohl být ovlivněn působením blízkého genu. Někdy se to provádí záměrně v genomu, možná stimulovat více genů najednou nebo regulovat jejich působení současně. Jindy je spojeno s omylem spojení mezi dvěma geny prostřednictvím aktivity promotoru. Aby se zabránilo tomuto křížení mezi geny, kde to není zaručené, mají některé genomy mezi sebou izolátorové oblasti. Tato extra oblast není vždy nutná a některé genomy zabraňují křížovému hovoru podle polohy genů jinými způsoby, jako je nutit jeden gen, aby byl neaktivní, zatímco druhý je aktivní.