Co je proximální promotér?
Proximální promotor je oblast v kyselině deoxyribonukleové (DNA) těsně před začátkem genu, kde se proteiny a další molekuly vážou v přípravě, aby tento gen přečetly. Promotorová oblast je nezbytná pro to, aby většina genů byla čtena a transkribována do proteinu, jak v jednoduchých prokaryotických buňkách, tak ve složitějších eukaryotech. Řada proteinů nazývaných transkripční faktory se váže na DNA v této oblasti a vykonávají mnoho úkolů, které se připravují na transkripci genu. Nejdůležitější z těchto funkcí je vytváření lešení proteinů, které drží DNA otevřenou a současně přepisuje vlastní gen.
Přesná poloha a struktura proximálního promotoru se liší mezi geny a typy buněk. Prokaryotické buňky, ty, které nemají jádro, mají obvykle jeden typ promotoru, zatímco eukaryotické buňky, ty, které mají skutečné jádro, mají jiný. Promotory obvykle leží několik nukleotidů před nebo před genem, který kontrolují. Téměř každý promotor obsahuje speciální sekvenci nukleotidů, která ji jako takovou identifikuje. Obecně jsou prokaryotické promotory identifikovány skupinou nukleotidů zvanou Shine-Dalgarno sekvence a eukaryotické promotory jsou identifikovány specifickou genetickou sekvencí zvanou TATA box.
Přes tato relativně jednoduchá pravidla je ne každý proximální promotor následuje, což je může ztížit jejich identifikací a geny, které kontrolují, poněkud obtížné. Vzdálenost mezi promotorem a jeho genem není fixována uvnitř druhu nebo uvnitř jediného organismu, takže určení, kde sedí ve vztahu k sobě, není triviální. Kompozice sekvencí proximálního promotoru nejsou vždy identické; mohou mít velmi dlouhou délku, složení nebo obojí. Navíc markerové sekvence Shine-Dalgarno boxu nebo TATA boxu mají v nich určitou variabilitu. To, jak různé transkripční faktory rozpoznávají promotory vzhledem k této přirozené variabilitě, není snadné určit a často se objevují nové příklady, které zpochybňují tato dříve robustní řešení.
Pokud je gen velmi blízký jinému genu, existuje možnost, že jeho proximální promotor by mohl být ovlivněn působením blízkého genu. Někdy se to děje záměrně v genomu, snad ke stimulaci více genů najednou nebo k regulaci jejich činnosti současně. Jindy je spojení mezi dvěma geny prostřednictvím aktivity promotoru provedeno omylem. Aby se zabránilo tomuto vzájemnému přenosu mezi geny, kde to není zaručeno, mají některé genomy mezi sebou izolátorové oblasti. Tato oblast navíc není vždy nutná a některé genomy zabraňují vzájemnému rozhovoru polohováním genů jinými způsoby, například nutí jeden gen být neaktivní, zatímco jiný je aktivní.