Cos'è un promotore prossimale?
Un promotore prossimale è una regione nell'acido desossiribonucleico (DNA) appena prima dell'inizio di un gene in cui proteine e altre molecole si legano in preparazione alla lettura di quel gene. La regione del promotore è essenziale affinché la maggior parte dei geni venga lettura e trascritta in proteina, sia nelle semplici cellule procariotiche che negli eucarioti più complessi. Una varietà di proteine chiamate fattori di trascrizione si legano al DNA in questa regione e svolgono molte attività che si preparano per la trascrizione genica. Il più importante di queste funzioni è la costruzione di un'impalcatura di proteine che contiene il DNA aperto e trascrive il gene corretto allo stesso tempo.
La posizione e la struttura esatte di un promotore prossimale varia tra i geni e i tipi di cellule. Le cellule procariotiche, quelle senza nucleo, di solito hanno un tipo di promotore mentre le cellule eucariotiche, quelle con un vero nucleo, ne hanno un altro. I promotori di solito giacciono alcuni nucleotidi a monte o prima, del gene che controllano. Quasi ogni promotore contiene una sequenza specialeence di nucleotidi che lo identificano come tale. In generale, i promotori procariotici sono identificati da un gruppo di nucleotidi chiamato sequenza Shine-Dalgarno e i promotori eucariotici sono identificati da una sequenza genetica specifica chiamata Tata Box.
Nonostante queste regole relativamente semplici, non tutti i promotori prossimali le segue, il che può renderle identificarli e i geni che controllano, un po 'difficili. La distanza tra un promotore e il suo gene non è fissata all'interno di una specie o all'interno di un singolo organismo, quindi determinare dove si siedono l'uno rispetto all'altro non è banale. Le composizioni di sequenza promotore prossimale non sono sempre identiche; Possono molto in lunghezza, composizione o entrambi. Inoltre, le sequenze di marker della scatola Shine-Dalgarno o Tata Box hanno una certa variabilità. Come sono i vari fattori di trascrizione riconoscono i promotori di fronte a questa variabilità intrinsecaNon è facile da determinare e nuovi esempi appaiono frequentemente che mettono in discussione queste soluzioni precedentemente robuste.
Quando un gene è molto vicino a un altro gene, esiste la possibilità che il suo promotore prossimale potrebbe essere influenzato dall'azione del gene vicino. A volte, questo viene fatto di proposito nel genoma, forse per stimolare più geni contemporaneamente o regolare la loro azione contemporaneamente. Altre volte, una connessione tra due geni attraverso l'attività di un promotore viene eseguita per errore. Per prevenire questo talk incrociato tra i geni in cui non è garantito, alcuni genomi hanno regioni isolante tra di loro. Questa regione extra non è sempre necessaria e alcuni genomi impediscono il cross-talk mediante il posizionamento del gene in altri modi, come costringere un gene ad essere inattivo mentre un altro è attivo.