Qu'est-ce qu'un promoteur proximal?
Un promoteur proximal est une région de l'acide désoxyribonucléique (ADN) juste avant le début d'un gène où des protéines et d'autres molécules se lient en préparation pour lire ce gène. La région promotrice est essentielle pour que la plupart des gènes soient lus et transcrits en protéine, à la fois dans les cellules procaryotes simples et chez les eucaryotes plus complexes. Une variété de protéines appelées facteurs de transcription se lient à l'ADN de cette région et effectuent de nombreuses tâches en vue de la transcription des gènes. La plus importante de ces fonctions consiste à créer un échafaudage de protéines qui maintient l'ADN ouvert et transcrit le gène approprié en même temps.
L'emplacement exact et la structure d'un promoteur proximal varient entre les gènes et les types de cellules. Les cellules procaryotes, celles sans noyau, ont généralement un type de promoteur, tandis que les cellules eucaryotes, celles avec un vrai noyau, en ont un autre. Les promoteurs reposent généralement quelques nucléotides en amont ou avant du gène qu’ils contrôlent. Presque chaque promoteur contient une séquence spéciale de nucléotides qui l'identifie comme tel. En général, les promoteurs procaryotes sont identifiés par un groupe de nucléotides appelé séquence Shine-Dalgarno, et les promoteurs eucaryotes sont identifiés par une séquence génétique spécifique appelée boîte TATA.
Malgré ces règles relativement simples, tous les promoteurs proximaux ne les suivent pas, ce qui peut compliquer leur identification et les gènes qu’ils contrôlent. La distance entre un promoteur et son gène n'est pas fixée dans une espèce ou dans un seul organisme. Il n'est donc pas trivial de déterminer leur position par rapport à l'autre. Les compositions de séquences promotrices proximales ne sont pas toujours identiques; ils peuvent avoir une longueur, une composition ou les deux. De plus, les séquences de marqueur de la boîte de Shine-Dalgarno ou de la boîte TATA présentent une certaine variabilité. La façon dont les divers facteurs de transcription reconnaissent les promoteurs face à cette variabilité inhérente n’est pas facile à déterminer, et de nouveaux exemples apparaissent fréquemment qui remettent en question ces solutions auparavant robustes.
Lorsqu'un gène est très proche d'un autre gène, il est possible que son promoteur proximal soit affecté par l'action du gène voisin. Parfois, cela est fait volontairement dans le génome, peut-être pour stimuler plusieurs gènes à la fois ou pour réguler leur action simultanément. À d'autres moments, une connexion entre deux gènes via l'activité d'un promoteur est faite par erreur. Pour éviter ce dialogue croisé entre gènes là où ce n'est pas justifié, certains génomes ont des régions isolantes entre eux. Cette région supplémentaire n'est pas toujours nécessaire, et certains génomes empêchent les interférences en positionnant le gène de différentes manières, par exemple en forçant un gène à être inactif pendant qu'un autre est actif.