Wat is bisulfiet sequencing?
Bisulfietsequencing is een methode waarbij verschillende DNA -gebieden worden geanalyseerd met behulp van methylering. Methylering is het proces van het toevoegen van een specifiek molecuul, een methylgroep genoemd, aan een nucleotide, in dit geval meestal een cytosine. Inactieve nucleotiden worden vaak gemethyleerd, dus deze methode kan worden gebruikt voor verschillende doeleinden, van het bepalen van actieve gebieden van een genoom tot het identificeren van genrijke gebieden. Bij bisulfietsequencing worden gemethyleerde cytosines niet beïnvloed door het sequencingproces, terwijl niet-gemethyleerde cytosines worden omgezet in uracil omgezet, een nucleotide die meestal niet in het genetische materiaal wordt aangetroffen, kan deoxyribonuclezuur (DNA.)
deze methode is zeer gevoelig voor veranderingen in methylatie, dus kleine veranderingen in binding, specifieke informatie over bindingen. Natriumbisulfiet zet cytosine om in uracil, maar de conversie gebeurt in een omgeving waar gemethyleerde cytosine deze verandering niet zal ondergaan. Wanneer bisulfietsequencing is voltooid, is de oorsprongAl -DNA is omgezet in een aanzienlijk ander molecuul. Cytosines zullen sterk worden uitgeput of mogelijk afwezig zijn. Als een cytosine nog steeds wordt gevonden in dit geconverteerde molecuul, vertegenwoordigt het een natuurlijk gemethyleerde cytosine in het genoom dat wordt overwogen.
Net als alle experimentele protocollen heeft bisulfietsequencing nadelen. Het belangrijkste nadeel is dat het een zeer hoge zoutconcentratie vereist om goed te werken. Het zout moedigt het gloeien van enkelstrengs DNA aan in zijn meer natuurlijke dubbele helix, en het natriumbisulfiet kan niet altijd cytosines bereiken wanneer ze deel uitmaken van dubbelstrengs DNA. Als de zoutconcentratie te hoog is, mag een aantal cytosines niet worden omgezet in uracil, wat resulteert in valse identificatie van gemethyleerde cytosines in een genoom. Denaturerende agenten kunnen nodig zijn om het aantal vals -positieve identificaties te minimaliseren.
Grote AMOUNTS van genomische gegevens zijn niet nodig voor bisulfietsequencing, dus de methode heeft een nuttige toepassing die klinische monsters analyseert. De oorspronkelijke nucleïnezuurbron doet er niet toe, maar de bron moet DNA zijn. In theorie kan ribonucleïnezuur (RNA) worden gesequenced met behulp van deze methode, omdat het meeste RNA single gestrand is en niet zo gevoelig zou zijn voor valse positieven vanwege geblokkeerde nucleotiden. Wanneer in de praktijk wordt gebracht, is bisulfietsequencing echter niet nuttig voor RNA, omdat RNA er natuurlijk uracil in heeft. Zonder een soort externe markering of toevoeging aan het protocol zouden omgezette cytosines niet te onderscheiden zijn van natuurlijke uracil.
Bij het uitvoeren van elk type sequencing -methodologie zijn nauwkeurigheid en precisie essentieel. Gevoelige methoden zoals bisulfietsequencing bieden een betrouwbaar middel voor sequentie -analyse, wat op zijn beurt genanalyse en identificatie van doelen voor geneesmiddelen en therapieën mogelijk maakt. Hoewel deze methode niet kan worden gebruikt bij levende mensen, kan het dat nog steeds zijnvan grote hulp bij alleen de kleinste weefselmonsters om mee te werken.