Hva er bisulfittsekvensering?

Bisulfittsekvensering er en metode der forskjellige regioner av DNA analyseres ved bruk av metylering. Metylering er prosessen med å tilsette et spesifikt molekyl, kalt en metylgruppe, til et nukleotid, i dette tilfellet vanligvis en cytosin. Inaktive nukleotider er ofte metylert, så denne metoden kan brukes til en rekke formål, fra å bestemme aktive regioner av et genom til å identifisere genrike regioner. I bisulfittsekvensering påvirkes ikke metylert cytosiner av sekvenseringsprosessen, mens ikke-metylerte cytosiner blir omdannet til uracil, et nukleotid som vanligvis ikke finnes i genetisk materiale, kan deoksyribonukleinsyre (DNA.)

denne metoden være veldig følsom for endringer i endringer. Natriumbisulfitt konverterer cytosin til uracil, men konverteringen skjer i et miljø der metylert cytosin ikke vil gjennomgå denne endringen. Når bisulfittsekvensering er fullført, er opprinnelsenAL DNA er blitt omdannet til et betydelig annet molekyl. Cytosiner vil være sterkt utarmet eller potensielt fraværende. Hvis det fremdeles finnes en cytosin i dette konverterte molekylet, representerer det et naturlig metylert cytosin i genomet som vurderes.

Som alle eksperimentelle protokoller, har bisulfittsekvensering ulemper. Den viktigste ulempen er at den krever en veldig høy saltkonsentrasjon for å fungere ordentlig. Saltet oppmuntrer til annealing av enkeltstrenget DNA til sin mer naturlige doble helix, og natriumbisulfitten kan ikke alltid nå cytosiner når de er en del av dobbeltstrenget DNA. Hvis saltkonsentrasjonen er for høy, kan det hende at et antall cytosiner ikke blir omdannet til uracil, noe som resulterer i falsk identifisering av metylerte cytosiner i et genom. Denatureringsmidler kan være nødvendig for å minimere antall falske positive identifikasjoner.

stor amoUND -er av genomiske data er ikke nødvendige for bisulfittsekvensering, så metoden har en nyttig applikasjon som analyserer kliniske prøver. Den opprinnelige nukleinsyrekilden spiller ingen rolle, men kilden må være DNA. I teorien kan ribonukleinsyre (RNA) bli sekvensert ved bruk av denne metoden, siden mest RNA er enkeltstrenget og ikke ville være like utsatt for falske positiver på grunn av blokkerte nukleotider. Når du blir utført, er imidlertid ikke bisulfittsekvensering nyttig for RNA, fordi RNA naturlig har uracil i seg. Uten en slags ekstern merking eller tillegg til protokollen, ville konverterte cytosiner ikke skilles fra naturlig uracil.

Når du foretar enhver form for sekvenseringsmetodikk, er nøyaktighet og presisjon viktig. Sensitive metoder som bisulfittsekvensering gir et pålitelig middel for sekvensanalyse, som igjen gir mulighet for genanalyse og identifisering av mål for medisiner og terapier. Selv om denne metoden ikke kan brukes på levende mennesker, kan den fortsatt væreAv stor hjelp med bare de minste av vevsprøver å jobbe med.