Vad är bisulfit -sekvensering?

bisulfit -sekvensering är en metod där olika regioner av DNA analyseras med användning av metylering. Metylering är processen att tillsätta en specifik molekyl, kallad en metylgrupp, till en nukleotid, i detta fall vanligtvis en cytosin. Inaktiva nukleotider är ofta metylerade, så denna metod kan användas för en mängd olika syften, från att bestämma aktiva regioner i ett genom till att identifiera genrika regioner. Vid bisulfit-sekvensering påverkas inte metylerade cytosiner av sekvenseringsprocessen, medan icke-metylerade cytosiner omvandlas till uracil, en nukleotid som vanligtvis inte finns i det genetiska materialet, deoxyribonukleinsyra (DNA.)

Denna metod är mycket känslig för förändringar i metylering, så små förändringar kan ge specialinformation om specialinformation om att ge forskning om specialinformation om kärnkraft. Natriumbisulfit omvandlar cytosin till uracil, men omvandlingen sker i en miljö där metylerat cytosin inte kommer att genomgå denna förändring. När bisulfit -sekvensering är klar, är ursprungetAl DNA har omvandlats till en signifikant annan molekyl. Cytosiner kommer att tappas kraftigt eller potentiellt frånvarande. Om en cytosin fortfarande finns i denna konverterade molekyl, representerar den en naturligt metylerad cytosin i genomet som beaktas.

Som alla experimentella protokoll har bisulfit -sekvensering nackdelar. Dess mest betydande nackdel är att det kräver en mycket hög saltkoncentration för att fungera korrekt. Saltet uppmuntrar glödgning av enkelsträngat DNA i dess mer naturliga dubbla spiral, och natriumbisulfiten kan inte alltid nå cytosiner när de är en del av dubbelsträngat DNA. Om saltkoncentrationen är för hög, får ett antal cytosiner inte omvandlas till uracil, vilket resulterar i falsk identifiering av metylerade cytosiner i ett genom. Denatureringsagenter kan vara nödvändiga för att minimera antalet falska positiva identifieringar.

stor amoUNT: er av genomiska data är inte nödvändiga för bisulfit -sekvensering, så metoden har en användbar applikation som analyserar kliniska prover. Den ursprungliga nukleinsyrakällan spelar ingen roll, men källan måste vara DNA. I teorin kan ribonukleinsyra (RNA) sekvenseras med denna metod, eftersom de flesta RNA är enstaka strandade och inte skulle vara lika mottagliga för falska positiva på grund av blockerade nukleotider. Vid praktiken är emellertid inte bisulfit -sekvensering inte användbar för RNA, eftersom RNA naturligtvis har uracil i sig. Utan någon form av extern markering eller tillägg till protokollet skulle konverterade cytosiner vara oskiljbara från naturlig uracil.

När man gör någon typ av sekvenseringsmetodik är noggrannhet och precision väsentliga. Känsliga metoder som bisulfit -sekvensering erbjuder ett tillförlitligt sätt för sekvensanalys, som i sin tur möjliggör genanalys och identifiering av mål för läkemedel och terapier. Även om denna metod inte kan användas på levande människor kan det fortfarande varaav stor hjälp med bara de minsta vävnadsproven att arbeta med.