Qu'est-ce que le séquençage du bisulfite?
Le séquençage du bisulfite est une méthode dans laquelle différentes régions de l’ADN sont analysées par méthylation. La méthylation est le processus consistant à ajouter une molécule spécifique, appelée groupe méthyle, à un nucléotide, généralement une cytosine. Les nucléotides inactifs sont souvent méthylés. Cette méthode peut donc être utilisée à diverses fins, de la détermination des régions actives d'un génome à l'identification de régions riches en gènes. Dans le séquençage du bisulfite, les cytosines méthylées ne sont pas affectées par le processus de séquençage, tandis que les cytosines non méthylées sont converties en uracile, un nucléotide rarement trouvé dans le matériel génétique, l'acide désoxyribonucléique (ADN).
Cette méthode étant très sensible aux modifications de la méthylation, de faibles modifications de la liaison peuvent fournir aux chercheurs des informations spécifiques sur des nucléotides particuliers. Le bisulfite de sodium convertit la cytosine en uracile, mais la conversion a lieu dans un environnement où la cytosine méthylée ne subira pas ce changement. Lorsque le séquençage du bisulfite est terminé, l'ADN d'origine a été converti en une molécule significativement différente. Les cytosines seront grandement appauvries ou potentiellement absentes. Si une cytosine est toujours présente dans cette molécule convertie, elle représente une cytosine naturellement méthylée dans le génome en question.
Comme tous les protocoles expérimentaux, le séquençage du bisulfite présente des inconvénients. Son principal inconvénient est qu’elle nécessite une très forte concentration de sel pour fonctionner correctement. Le sel encourage le recuit de l'ADN simple brin dans sa double hélice plus naturelle, et le bisulfite de sodium ne peut pas toujours atteindre les cytosines quand ils font partie de l'ADN double brin. Si la concentration en sel est trop élevée, un certain nombre de cytosines ne peuvent pas être converties en uracile, ce qui entraîne une fausse identification des cytosines méthylées dans un génome. Des agents de dénaturation peuvent être nécessaires pour minimiser le nombre de fausses identifications positives.
De grandes quantités de données génomiques ne sont pas nécessaires pour le séquençage du bisulfite. La méthode a donc une application utile pour l'analyse d'échantillons cliniques. La source d'acide nucléique d'origine n'a pas d'importance, mais la source doit être l'ADN. En théorie, l'acide ribonucléique (ARN) pourrait être séquencé à l'aide de cette méthode, car la plupart des ARN sont simple brin et ne seraient pas aussi sensibles aux faux positifs en raison de nucléotides bloqués. Cependant, dans la pratique, le séquençage du bisulfite n'est pas utile pour l'ARN, car l'ARN contient naturellement de l'uracile. Sans une sorte de marquage externe ou d'addition au protocole, les cytosines converties seraient impossibles à distinguer de l'uracile naturel.
Quel que soit le type de méthodologie utilisé pour le séquençage, l'exactitude et la précision sont essentielles. Des méthodes sensibles telles que le séquençage au bisulfite constituent un moyen fiable d'analyse de séquence, ce qui permet l'analyse de gènes et l'identification de cibles pour des médicaments et des thérapies. Bien que cette méthode ne puisse pas être utilisée sur des personnes vivantes, elle peut toujours être très utile avec le plus petit échantillon de tissu à utiliser.