Co to jest sekwencjonowanie bisulfitów?
Sekwencjonowanie bisulfitu jest metodą, w której różne regiony DNA są analizowane przy użyciu metylacji. Metylacja jest procesem dodawania specyficznej cząsteczki, zwanej grupą metylową, do nukleotydu, w tym przypadku zwykle cytozyny. Nieaktywne nukleotydy są często metylowane, więc metodę tę można stosować do różnych celów, od określania aktywnych regionów genomu po identyfikację regionów bogatych w gen. W sekwencjonowaniu bisulfitu proces sekwencjonowania nie ma wpływu na metylowane cytozyny, podczas gdy cytozyny niemetylowane są przekształcane w uracyl, nukleotyd zwykle nie występuje w materiale genetycznym, auxyribonukleinowy kwas deoksyrybonukleinowy (DNA.)
Metoda jest bardzo czuła na zmiany w metylacji, więc małe zmiany mogą podawać badacze specyficzne pod względem specyficznych informacji o szczególnych informacjach o szczególnych informacjach. Bisulfit sodu przekształca cytozynę na uracyl, ale konwersja ma miejsce w środowisku, w którym metylowana cytozyna nie ulegnie tej zmianie. Po zakończeniu sekwencjonowania bisulfitu, pochodzenieDNA Al przekształcono w znacząco inną cząsteczkę. Cytozyny będą bardzo wyczerpane lub potencjalnie nieobecne. Jeśli w tej przekształconej cząsteczce nadal występuje cytozyna, reprezentuje naturalnie metylowaną cytozynę w rozważanym genomie.
Podobnie jak wszystkie protokoły eksperymentalne, sekwencjonowanie bisulfitów ma wady. Jego najważniejszą wadą jest to, że wymaga bardzo wysokiego stężenia soli, aby poprawnie działać. Sól zachęca do wyżarzania jednoniciowego DNA do bardziej naturalnej podwójnej helisy, a bisulfit sodu nie zawsze może dotrzeć do cytozyn, gdy jest częścią dwuniciowego DNA. Jeśli stężenie soli jest zbyt wysokie, liczba cytozyn nie może być przekształcana w uracyl, co powoduje fałszywą identyfikację metylowanych cytozyn w genomie. Agenci denaturujący mogą być konieczne, aby zminimalizować liczbę fałszywie dodatnich identyfikacji.
duże amoUNT danych genomowych nie jest konieczne do sekwencjonowania bisulfitu, więc metoda ma przydatną aplikację analizującą próbki kliniczne. Oryginalne źródło kwasu nukleinowego nie ma znaczenia, ale źródłem musi być DNA. Teoretycznie kwas rybonukleinowy (RNA) można zsekwencjonować przy użyciu tej metody, ponieważ większość RNA jest jednonożna i nie byłaby tak podatna na fałszywe pozytywy z powodu zablokowanych nukleotydów. Jednak w praktyce sekwencjonowanie bisulfitów nie jest przydatne dla RNA, ponieważ RNA naturalnie ma w nim uracyl. Bez jakiegoś zewnętrznego oznaczenia lub dodatku do protokołu, przetworzone cytozyny byłyby nierozróżnialne od naturalnego uracylu.
Podczas podejmowania dowolnego rodzaju metodologii sekwencjonowania niezbędne są dokładność i precyzja. Wrażliwe metody, takie jak sekwencjonowanie bisulfitu, oferują niezawodny sposób analizy sekwencji, która z kolei pozwala na analizę genów i identyfikację celów dla leków i terapii. Chociaż tej metody nie może być stosowana w żywych ludziach, nadal może byćwielkiej pomocy tylko w najmniejszych próbkach tkanek do pracy.