Was ist Bisulfit -Sequenzierung?

Bisulfit -Sequenzierung ist eine Methode, bei der verschiedene Regionen der DNA unter Verwendung von Methylierung analysiert werden. Methylierung ist der Prozess der Zugabe eines spezifischen Moleküls, der eine Methylgruppe bezeichnet wird, zu einem Nukleotid, in diesem Fall normalerweise ein Cytosin. Inaktive Nukleotide werden häufig methyliert, sodass diese Methode für eine Vielzahl von Zwecken verwendet werden kann, von der Bestimmung aktiver Regionen eines Genoms bis hin zur Identifizierung von gen-reichen Regionen. Bei der Bisulfit-Sequenzierung werden methylierte Cytosine nicht durch den Sequenzierungsprozess beeinflusst, während nicht methylierte Cytosine in Uracil umgewandelt werden, ein Nukleotid, das normalerweise in dem genetischen Material nicht gefunden wird, Desoxyribonuklinasäure (DNA.)

Diese Methode ist sehr empfindlich zu Veränderungen in Methoylierungen, so dass kleine Veränderungen in der Bindung zu Veränderungen in Bezug auf Veränderungen in der Bindung von Reformen zu Veränderungen teilnehmen. Natriumbisulfit wandelt Cytosin in Uracil um, aber die Umwandlung erfolgt in einer Umgebung, in der methyliertes Cytosin diese Änderung nicht unterzogen wird. Wenn die Bisulfit -Sequenzierung abgeschlossen ist, der UrsprungAl -DNA wurde in ein signifikant unterschiedliches Molekül umgewandelt. Cytosine werden stark erschöpft oder möglicherweise nicht vorhanden. Wenn in diesem umgewandelten Molekül noch ein Cytosin gefunden wird, repräsentiert es ein natürlich methyliertes Cytosin im untersuchten Genom.

Wie bei allen experimentellen Protokollen hat die Bisulfit -Sequenzierung Nachteile. Der bedeutendste Nachteil ist, dass es eine sehr hohe Salzkonzentration erfordert, um ordnungsgemäß zu arbeiten. Das Salz fördert das Glühen von einzelsträngiger DNA in seine natürlichere Doppelhelix, und das Natriumbisulfit kann nicht immer Cytosine erreichen, wenn sie Teil der doppelsträngigen DNA sind. Wenn die Salzkonzentration zu hoch ist, kann eine Reihe von Cytosinen möglicherweise nicht in Uracil umgewandelt werden, was zu einer falschen Identifizierung von methylierten Cytosine innerhalb eines Genoms führt. Denaturierende Agenten können erforderlich sein, um die Anzahl falsch positiver Identifikationen zu minimieren.

großes AmoUnts genomischer Daten sind für die Bisulfit -Sequenzierung nicht erforderlich, sodass die Methode eine nützliche Anwendungsanalyse klinischer Proben hat. Die ursprüngliche Nukleinsäurequelle spielt keine Rolle, aber die Quelle muss DNA sein. Theoretisch könnte Ribonukleinsäure (RNA) unter Verwendung dieser Methode sequenziert werden, da die meisten RNAs einzeln gestrandet sind und aufgrund blockierter Nukleotide nicht so anfällig für falsch positive Ergebnisse sind. Bei der Inszenierung der Praxis ist die Bisulfit -Sequenzierung jedoch für RNA nicht nützlich, da RNA natürlich Uracil enthält. Ohne irgendeine Art von externer Markierung oder Ergänzung des Protokolls wären umgewandelte Cytosine nicht von natürlichen Uracil zu unterscheiden.

Bei einer Art von Sequenzierungsmethodik sind Genauigkeit und Präzision unerlässlich. Sensitive Methoden wie die Bisulfit -Sequenzierung bieten ein zuverlässiges Mittel zur Sequenzanalyse, was wiederum die Gent -Analyse und Identifizierung von Zielen für Arzneimittel und Therapien ermöglicht. Obwohl diese Methode nicht für lebende Menschen verwendet werden kann, kann sie immer noch seinvon großer Hilfe mit nur den kleinsten Gewebeproben, mit denen Sie arbeiten können.