Co je sekvenování bisulfitu?
bisulfitové sekvenování je metoda, ve které jsou různé oblasti DNA analyzovány pomocí methylace. Methylace je proces přidávání specifické molekuly, nazývané methylové skupiny, do nukleotidu, v tomto případě obvykle cytosin. Neaktivní nukleotidy jsou často methylovány, takže tuto metodu lze použít pro různé účely, od stanovení aktivních oblastí genomu až po identifikaci oblastí bohatých na geny. V sekvenování bisulfitu nejsou methylovaný cytosiny ovlivněny procesem sekvenování, zatímco ne methylované cytosiny jsou přeměněny na uracil, nukleotid, který se obvykle nachází v genetickém materiálu, deoxyribonukleová kyselina (DNA. Bisulfit sodný přeměňuje cytosin na uracil, ale k přeměně dochází v prostředí, kde methylovaný cytosin tuto změnu podrobí. Po dokončení sekvenování bisulfitu, původAl DNA byla přeměněna na výrazně odlišnou molekulu. Cytosiny budou velmi vyčerpány nebo potenciálně nepřítomné. Pokud je cytosin stále nalezen v této převedené molekule, představuje přirozeně methylovaný cytosin v uvažovaném genomu.
Stejně jako všechny experimentální protokoly, sekvenování bisulfitu má nevýhody. Jeho nejvýznamnější nevýhodou je, že pro správnou práci vyžaduje velmi vysokou koncentraci soli. Sůl podporuje žíhání jednovláknové DNA do přirozenější dvojité šroubovice a bisulfit sodný nemůže vždy dosáhnout cytosinů, když jsou součástí dvouvláknové DNA. Pokud je koncentrace soli příliš vysoká, nemusí být řada cytosinů přeměněna na uracil, což má za následek falešnou identifikaci methylovaných cytosinů v genomu. K minimalizaci počtu falešně pozitivních identifikací mohou být nezbytné denaturační činidla.
Velká amoUNTS genomických dat nejsou pro sekvenování bisulfitu nezbytné, takže metoda má užitečnou aplikaci analyzující klinické vzorky. Na původním zdroji nukleové kyseliny nezáleží, ale zdrojem musí být DNA. Teoreticky by mohla být pomocí této metody sekvenována kyselina ribonukleová (RNA), protože většina RNA je jednorázová a nebyla by tak náchylná k falešným pozitivům kvůli blokovaným nukleotidů. Při uvedení do praxe však sekvenování bisulfitu není pro RNA užitečné, protože RNA má v sobě přirozeně uracil. Bez nějakého druhu vnějšího značení nebo doplnění protokolu by převedené cytosiny byly nerozeznatelné od přirozeného uracilu.
Při provádění jakéhokoli typu metodiky sekvenování, přesnosti a přesnosti jsou nezbytné. Citlivé metody, jako je sekvenování bisulfitu, nabízejí spolehlivý prostředek sekvenční analýzy, což zase umožňuje genovou analýzu a identifikaci cílů pro léky a terapie. Ačkoli tuto metodu nelze použít na živé lidi, stále to může býtVelké pomoci pouze s nejmenšími vzorky tkáně, se kterými můžete pracovat.