Co je Contig?
Kontig, zkratka pro sousedící, označuje buď segment deoxyribonukleové kyseliny (DNA), nebo produkt překrývajících se segmentů, které tvoří souvislou, rozsáhlou, nepřerušovanou sekvenci DNA. Studiem map těchto segmentů je možné objevit pořadí segmentů obsahujících různé sekvence a kontigy mohou být přidávány, odebírány nebo přeskupovány za vzniku nových sekvencí. Mapování DNA a knihovny umožňují vědcům identifikovat zarovnání, která by mohla způsobit onemocnění, poskytnout lepší pochopení toho, jak buňky reagují za určitých podmínek, a umožnit klonovat příznivé vlastnosti v živých organismech.
Genomické kontigy jsou navzájem spojeny překrýváním sad značených sekvenčních značek nebo odpovídajícími značenými sekvenčními značkami. Pochopením tohoto procesu stavebních bloků používaných bázemi segmentů DNA se kontigy mohou replikovat nebo klonovat do žádoucích sekvencí, přidáním nebo vyloučením méně příznivých segmentů. Vědci považují tyto sekvence za mapy vysoce detailních počítačových programů DNA. Program poskytuje vizuální členění bází použitých pro konstrukci segmentů a segmentů použitých k vytváření konkrétních sekvencí. Pomocí různých barevných schémat různé programy contig zobrazují tyto informace jako sekvence nízké, střední a vysoké kvality.
Contig mapping často vrhá světlo na příčiny genetických poruch. Například Williamsův syndrom u dětí vyvolává vícesystémové příznaky, včetně kardiovaskulárních problémů, zvýšené hladiny vápníku v krvi a selhání v prosperitě. Vědci objevili delece pásů ovlivňující určité geny, které mohou být způsobeny nevhodným překrýváním kontigů. Další genetická porucha dětství, syndrom cri-du-chat, také vyvolává mnohočetné příznaky, z nichž každý věří, že vědci korelují s delecí a abnormálním umístěním.
Vědci také analyzují kontigové sekvence v rostlinných druzích. Každá rostlina obsahuje sekvenci jedinečnou pro tuto rostlinu a získáním map jednotlivých druhů rostlin vědci objevují podobné a proměnlivé vlastnosti, které mohou přispět ke zdraví nebo poškození konkrétního typu rostliny. Analýzou kontigovaných segmentů a sekvencí v organismech přenášejících onemocnění mohou lékaři určit vlastnosti, které mohou být použity při vývoji léčby. Mapování poskytuje vizuální vhled do možných genetických manipulací prostřednictvím delecí sekvencí nebo klonování.
Vědci mohou pěstovat klonované vzorky DNA v bakteriálních umělých chromozomech, v kvasinkových umělých chromozomech nebo v umělých chromozomových médiích P1 nebo fágů. Tyto chromozomy obsahují kdekoli od 50 do stovek tisíc bází, které kompilují kontigní segmenty. Po období kolonizace se vzorky extrahují pomocí stříkačky a umístí se do DNA sekvenčního gelu, který se podrobí elektroforéze a sušení. Autoradiograf čte vzorek a otisky prstů sekvence. Vědci poté skenují otisk prstu do obrazového souboru, který může být později načten do programu contig.