Co je to kontig?
kontig, zkratka pro sousedící, se týká buď segmentu deoxyribonukleové kyseliny (DNA) nebo na produkt překrývajících se segmentů, které tvoří kontinuální, rozsáhlou, nepřerušenou sekvenci DNA. Studiem map těchto segmentů je možné objevit pořadí segmentů obsahujících různé sekvence a kontigety lze přidat, odstranit nebo přeskupovat za vzniku nových sekvencí. Mapování DNA Contig a knihovny umožňují vědcům identifikovat zarovnání, která by mohla způsobit onemocnění, poskytovat lepší pochopení toho, jak buňky reagují za určitých podmínek, a umožnit schopnost klonovat příznivé vlastnosti v živých organismech.
genomické kontigy jsou spojeny s jedním dalším překrýváním odpovídajících sekvenčních značkových sad nebo odpovídajícím sekvenčním značkám. Pochopením tohoto procesu stavebního bloku používaný základnami DNA segmentů se mohou kontigety replikovat nebo klonovány do žádaných sekvencí, což přidává nebo eliminuje méně příznivé segmenty. Vědci vidí tyto sekvenceJako mapy na vysoce podrobné, počítačové programy DNA. Program poskytuje vizuální rozdělení základen použitých k konstrukci segmentů a segmenty použité k vytváření konkrétních sekvencí. Pomocí různých barevných schémat zobrazují různé programy Contig tyto informace jako nízké, střední a vysoce kvalitní sekvence.
Mapování kontig často vrhá světlo na příčiny genetických poruch. Například Williamsův syndrom vytváří příznaky multisystému u dětí, včetně kardiovaskulárních problémů, zvýšených hladin vápníku v krvi a neschopnosti prosperovat. Vědci objevili delece pásma ovlivňujících určité geny, které mohou být způsobeny nevhodným překrýváním kontigů. Další genetická porucha dětství, syndrom CRI-Du-Chat, také způsobuje několik příznaků, z nichž každý vědci věří, že korelují s delecí a abnormální polohou.
Vědci také análníyze kontig sekvence u rostlinných druhů. Každá rostlina obsahuje sekvenování jedinečné pro tuto rostlinu a získáním map jednotlivých druhů rostlin vědci objevují podobné a proměnlivé vlastnosti, které mohou přispět ke zdraví nebo zhoršení konkrétního typu rostliny. Analýzou kontigů segmentů a sekvencí u organismů nesoucích onemocnění mohou lékaři určit rysy, které mohou být poté použity při vývoji léčby. Mapování poskytuje vizuální vhled do možných genetických manipulací prostřednictvím sekvenčních delecí nebo klonování.
Vědci mohou pěstovat klonované vzorky DNA v bakteriálním umělém chromozomu, kvasinkovém umělém chromozomu nebo v P1 nebo fágovém umělém chromozomovém médiu. Tyto chromozomy obsahují kdekoli od 50 do stovek tisíc základen, které kompilují kontigské segmenty. Po období kolonizace jsou vzorky extrahovány pomocí injekční stříkačky a umístěny do sekvenčního gelu DNA, který podléhá elektroforéze a sušení. Autoradiograf čteVzorek a otisky prstů sekvencí. Vědci poté naskenujte otispívající prst do obrazového souboru, který může být později načten do programu Contig.