O que é um Contig?
Um contig, abreviação de contíguo, refere-se a um segmento de ácido desoxirribonucleico (DNA) ou ao produto de segmentos sobrepostos que formam uma sequência de DNA contínua, extensa e ininterrupta. Ao estudar mapas desses segmentos, é possível descobrir a ordem dos segmentos que compreendem várias seqüências, e os contigs podem ser adicionados, removidos ou reorganizados para formar novas seqüências. O mapeamento e as bibliotecas de contig de DNA permitem que os pesquisadores identifiquem alinhamentos que possam causar doenças, melhor compreendem como as células reagem sob certas condições e permitem a capacidade de clonar características favoráveis nos organismos vivos.
Os contigs genômicos são conectados entre si pela sobreposição de conjuntos marcados de sequência correspondentes ou pela correspondência de tags de sequência expressa. Ao entender esse processo básico usado pelas bases dos segmentos de DNA, os contigs podem se replicar ou clonar em sequências desejáveis, adicionando ou eliminando segmentos menos favoráveis. Os pesquisadores veem essas seqüências como mapas de programas de DNA computadorizados e altamente detalhados. O programa fornece uma análise visual das bases usadas para construir os segmentos e os segmentos usados para construir sequências específicas. Usando esquemas de cores diferentes, vários programas de contig exibem essas informações como seqüências de baixa, média e alta qualidade.
O mapeamento de contígios freqüentemente lança luz sobre as causas de desordens genéticas. A síndrome de Williams, por exemplo, produz sintomas multissistêmicos em crianças, incluindo problemas cardiovasculares, níveis elevados de cálcio no sangue e incapacidade de prosperar. Os pesquisadores descobriram exclusões de banda que afetam certos genes, que podem ser causados pela sobreposição inadequada de contigs. Outro distúrbio genético infantil, a síndrome do cri-du-chat, também produz múltiplos sintomas, cada um dos quais os cientistas acreditam correlacionar-se com deleções e posicionamento anormal.
Os pesquisadores também analisam seqüências de contig em espécies vegetais. Cada planta contém um seqüenciamento exclusivo para essa planta e, obtendo mapas de espécies de plantas individuais, os cientistas descobrem características semelhantes e variáveis que podem contribuir para a saúde ou deterioração de um tipo de planta específico. Ao analisar segmentos e seqüências de contig em organismos portadores de doenças, os médicos podem determinar características que podem ser usadas no desenvolvimento do tratamento. O mapeamento fornece informações visuais sobre possíveis manipulações genéticas por meio de exclusões ou clonagem de sequência.
Os cientistas podem cultivar amostras de DNA clonadas em cromossomos artificiais bacterianos, cromossomos artificiais de leveduras ou em meios de cromossomos artificiais P1 ou fago. Esses cromossomos contêm de 50 a centenas de milhares de bases, que compilam segmentos contig. Após um período de colonização, as amostras são extraídas com uma seringa e colocadas em gel de sequenciamento de DNA, que é submetido a eletroforese e seca. Uma auto-radiografia lê a amostra e as impressões digitais das seqüências. Os pesquisadores digitalizam a impressão digital em um arquivo de imagem, que pode ser carregado posteriormente em um programa de contig.