Qu'est-ce qu'un Northern Blot?
L'hybridation Northern Blot est une technique utilisée pour détecter les niveaux d'ARN messager (ARNm) dans un échantillon et pour quantifier la quantité d'ARNm présente. Bien qu’il existe d’autres techniques plus puissantes, la Northern blot reste la norme en raison de sa simplicité et de sa facilité d’utilisation. La technique de Northern blot permet également la comparaison directe de plusieurs échantillons dans une seule expérience.
L'ARN messager est un type d'acide nucléique qui est produit lors de l'expression d'un gène. Un gène activé et fonctionnel dans une cellule est transcrit en ARNm. L'ARNm est ensuite transporté dans le cytoplasme de la cellule, où il est traduit en une protéine. L'analyse par transfert Northern d'un échantillon d'ARNm cellulaire peut donc fournir des informations utiles sur l'ensemble des protéines que la cellule produit.
Dans un transfert Northern, l'ARNm est extrait des cellules et soumis à une électrophorèse sur gel d'agarose dénaturant, ce qui permet de séparer l'ARNm de l'échantillon en fonction de sa taille. Des échantillons de molécules d'ARNm de tailles connues sont analysés simultanément pour fournir un contrôle. Une fois l'électrophorèse terminée, les échantillons sont transférés et immobilisés sur une membrane solide, généralement constituée d'un matériau tel que le nylon. Les échantillons sont ensuite exposés à des sondes radiomarquées pendant plusieurs heures avant analyse. Pendant l'analyse, l'ARNm qui s'est hybridé à une sonde radiomarquée peut être clairement détecté par rayons X.
La technique de Northern blot permet l'observation de modèles d'expression génique entre différents types de tissus. L'ARN messager extrait de cellules de différents tissus et types d'organes peut être comparé, et les réponses cellulaires au stress, à l'infection et à de nombreux autres stimuli peuvent être examinées. En examinant les différences d'expression de l'ARNm dans différentes conditions, un scientifique peut déterminer quels types de protéines une cellule produit en réponse à certains stimuli. Cela peut fournir des indices sur les fonctions de protéines inconnues ou, dans le cas de protéines connues, des informations sur les réponses cellulaires aux stimuli en question.
Par exemple, un transfert de Northern peut montrer que l'expression d'une protéine inconnue augmente en réponse à la présence d'une toxine spécifique. On pourrait alors théoriser que la protéine est impliquée dans la réduction de la toxicité, peut-être en transportant le produit chimique hors de la cellule ou en le transformant en métabolite. Si des protéines connues sont à l'examen, la documentation des changements dans l'expression des protéines peut fournir des informations sur la réponse elle-même. Si, par exemple, l'expression d'un transporteur moléculaire connu était augmentée, il pourrait être confirmé que la réponse cellulaire à la toxine consiste à transporter la toxine hors de la cellule.